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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001600

染色体: Chr02 坐标: 29839303-29853545 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001600
名称SmilChr02G001600
描述uncharacterized SmilChr02G001600
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向29839303 - 29853545 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008259
GeneID131008259
locus_tag-
NCBI NameLOC131008259
原始查询LOC131008259

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791131.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791131.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791131.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791131.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791131.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:29839332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:29839335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:29839360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:29839368 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B50,C9
Chr2:29839368 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 2 B50,C9
Chr2:29852806 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 67 A13,A14,A18,A20,A5,A7,B100,B102,B103,B106,B11,B117,B122,B128,B137,B140,B19,B2,B26,B28,B34,B36,B41,B42,B46,B49,B54,B65,B67,B72,B73,B78,B85,B86,B87,B97,C15,C23,C24,C28,C29,C30,C35,C38,C39,C4,C45,C46,C5,C51,C52,C54,C56,C6,C63,C65,C68,C72,C73,C74,C77,C82,C9,D11,D6,D7,D9
Chr2:29852809 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 67 A13,A14,A18,A20,A5,A7,B100,B102,B103,B106,B11,B117,B122,B128,B137,B140,B19,B2,B26,B28,B34,B36,B41,B42,B46,B49,B54,B65,B67,B72,B73,B78,B85,B86,B87,B97,C15,C23,C24,C28,C29,C30,C35,C38,C39,C4,C45,C46,C5,C51,C52,C54,C56,C6,C63,C65,C68,C72,C73,C74,C77,C82,C9,D11,D6,D7,D9
Chr2:29852810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,C11,C36,C45
Chr2:29852812 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B36,C46
Chr2:29852812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C46
Chr2:29852828 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C57
Chr2:29852828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935148.1
ATGGCGGCTGTGGTGAAGCAGGAGGTGGTGGAGGAAGAGAGAGATGGTGGTGGTTGCGGCGGTAGTGAGAGAGAGAATGAGAGAAAAATGGGAGTTTCTGAGGCAGTTTCTGAGGCAGTAGCTGCTGTTCCCCTCAGTATTTGTGCACCGGAGGCTCCACGCAGAAGTCGCCGAGAACGGAACCCGTCGGCTGCACTTCGATCACCATACGTGCACAGCGCCGTGCCGAGACCCGTCGACTCACAGTATGTTGACGGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008259
ATGGCGGCTGTGGTGAAGCAGGAGGTGGTGGAGGAAGAGAGAGATGGTGGTGGTTGCGGCGGTAGTGAGAGAGAGAATGAGAGAAAAATGGGAGTTTCTGAGGCAGTTTCTGAGGCAGTAGCTGCTGTTCCCCTCAGTATTTGTGCACCGGAGGCTCCACGCAGAAGTCGCCGAGAACGGAACCCGTCGGCTGCACTTCGATCACCATACGTGCACAGCGCCGTGCCGAGACCCGTCGACTCACAGTATGTTGACGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791131.1
MAAVVKQEVVEEERDGGGCGGSERENERKMGVSEAVSEAVAAVPLSICAPEAPRRSRRERNPSAALRSPYVHSAVPRPVDSQYVDGFDRMMKAGNRGNYRTMSVAESEHPLPFSFWTTMQNTIRDLSSNAVDCYMMTMRSRLMRGDDLIDGVDARTTIVLDTELFKYFDDEFTQLKSAWREMFPAKAEGRFIYSDGVFASWQPHSKKMYMVHGQGVSSTHGDWMNATTLILPIHVCGRYITCRVDLLSGVCDIFDSQLFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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