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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001612

染色体: Chr02 坐标: 30009153-30013861 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001612
名称SmilChr02G001612
描述uncharacterized SmilChr02G001612
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30009153 - 30013861 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008268
GeneID131008268
locus_tag-
NCBI NameLOC131008268
原始查询LOC131008268

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=29.9; qcov=0.424; evalue=3.38e-14; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008268

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057791138.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791138.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791138.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791138.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791138.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30009186 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B6,C67
Chr2:30009186 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B6,C67
Chr2:30009198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr2:30009212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C60
Chr2:30009227 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 42 A13,A2,A7,B100,B107,B108,B112,B117,B122,B13,B131,B19,B2,B20,B28,B29,B35,B54,B64,B72,B75,B77,B80,B93,B94,B97,C15,C16,C2,C23,C36,C47,C52,C60,C61,C72,C79,C81,C82,C85,C9,D3
Chr2:30009246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C59
Chr2:30009254 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A11,A13,A25,B10,B105,B106,B114,B119,B120,B123,B126,B129,B134,B24,B27,B45,B46,B47,B49,B50,B52,B60,B61,B63,B64,B73,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B86,C15,C20,C29,C31,C35,C38,C39,C4,C47,C63,C75,C76,C86,D8
Chr2:30009264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B114
Chr2:30009327 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B13
Chr2:30009327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:30009341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:30009350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B78,B86,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935155.1
ATGAAGGAGGCTATCACCATGTTTAATTCTTTGAAACATATGATGACTTGCCTGTGGGCTGTAGCCAAGAAACAACAAGAGAAAGGTGAGCAGATTTATTTAACAAGTGCAAAACCTAATGCACCTAGAAGGAAAAGAGTTTATGTAGACATAGAGCTCATTCAAAGCTTAGAACTACACAAACGTTCGACAATACGCAGGTTGGTAGTGAGAATTAATCGCAGCAAAAGCACAGTTTGGCGGTGGGTGAATCAAGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008268
ATGAAGGAGGCTATCACCATGTTTAATTCTTTGAAACATATGATGACTTGCCTGTGGGCTGTAGCCAAGAAACAACAAGAGAAAGGTGAGCAGATTTATTTAACAAGTGCAAAACCTAATGCACCTAGAAGGAAAAGAGTTTATGTAGACATAGAGCTCATTCAAAGCTTAGAACTACACAAACGTTCGACAATACGCAGGTTGGTAGTGAGAATTAATCGCAGCAAAAGCACAGTTTGGCGGTGGGTGAATCAAGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791138.1
MKEAITMFNSLKHMMTCLWAVAKKQQEKGEQIYLTSAKPNAPRRKRVYVDIELIQSLELHKRSTIRRLVVRINRSKSTVWRWVNQGLIRVHTSAIKLDLTSPNKLLRLQFSLEALEFDRIMMAFKFKAMNNTLHIDEKWFYITKAAHRTHFSDNGEVLFDGKIGIFPFTQHVPAQRNSKNRPSGTLETKPIQSVTKEVIKDCLINKDSDPEFRVAATEDGFDIRIVHRPPNSPDTNVNDLGWFRATMLTNWLRGVIRTWN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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