Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002446`

染色体: Chr01 坐标: 42051228-42054732 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002446`
名称	SmilChr01G002446
描述	guanosine deaminase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42051228 - 42054732 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008271`
GeneID	`131008271`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008271`
原始查询	`LOC131008271`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	guanosine deaminase-like
产物	guanosine deaminase-like
Arabidopsis	`AT5G28050` (AT5G28050) Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832875] identity=83.5; qcov=0.696; evalue=1.1e-60; confidence=high
Rice	`Os07g0245100` - identity=86.4; qcov=0.696; evalue=6.27e-64; confidence=high
GO	GO:0002100 (tRNA wobble adenosine to inosine editing); GO:0006152 (purine nucleoside catabolic process); GO:0008251 (tRNA-specific adenosine deaminase activity); GO:0047974 (guanosine deaminase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00383 (dCMP_cyt_deam_1); PF14437 (MafB19-deam)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791143.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791143.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791143.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791143.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791143.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42053909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,C87
`Chr1:42053933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr1:42053939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C68
`Chr1:42053997`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	89	A1,A10,A15,A2,A23,A24,A3,A4,A6,B1,B100,B101,B102,B108,B109,B11,B110,B118,B124,B129,B131,B136,B138,B140,B18,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B28,B3,B35,B36,B4,B40,B41,B48,B54,B66,B68,B69,B7,B72,B78,B79,B81,B88,B9,B90,B94,B97,B98,C11,C12,C13,C15,C22,C23,C27,C29,C4,C41,C43,C48,C5,C53,C54,C56,C57,C58,C60,C69,C7,C70,C72,C74,C78,C79,C8,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D8
`Chr1:42054028`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	138	A1,A10,A15,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B118,B119,B120,B124,B129,B13,B131,B136,B138,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B28,B3,B30,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B48,B5,B52,B54,B59,B60,B61,B62,B65,B66,B68,B69,B7,B72,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B84,B85,B86,B88,B9,B90,B94,B97,B98,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C2,C22,C23,C27,C29,C36,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C48,C5,C50,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C64,C66,C68,C69,C7,C70,C72,C74,C77,C78,C79,C8,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8
`Chr1:42054057`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C78
`Chr1:42054057`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791143.1

148 aa

148

MafB19-deam

dCMP_cyt_deam_1

PF14437 MafB19-deam 47-140 aa PF00383 dCMP_cyt_deam_1 48-91 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791143.1`	Pfam	`PF14437`	MafB19-deam	Family	47	140	7.9e-12	45.9	MafB19-like deaminase
`XP_057791143.1`	Pfam	`PF00383`	dCMP_cyt_deam_1	Domain	48	91	3.1e-10	40.6	Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935160.1
ATGGAAAGGATAGAGTACGATCCTAATCGAACTTCTCAGATTGCTCTCAAACATGTTTGGTTCCGATCCAGGATCGCAGAAACTCAATATGTCTTGAACAGTACATTTACCCAAAATCAGTCTTTATTTTGTTTATTACAATGTGTATTTCAGGCTTGCAAGAAGCTCAACAGGATTGAGCTCTCAGACTGTGAGATATACGCTTCGTGTGAGCCATGTCCTATGTGTTTCGGCGCAATCCATCTCTCTAGAATCAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008271
ATGGAAAGGATAGAGTACGATCCTAATCGAACTTCTCAGATTGCTCTCAAACATGTTTGGTTCCGATCCAGGATCGCAGAAACTCAATATGTCTTGAACAGTACATTTACCCAAAATCAGTCTTTATTTTGTTTATTACAATGTGTATTTCAGGCTTGCAAGAAGCTCAACAGGATTGAGCTCTCAGACTGTGAGATATACGCTTCGTGTGAGCCATGTCCTATGTGTTTCGGCGCAATCCATCTCTCTAGAATCAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791143.1
MERIEYDPNRTSQIALKHVWFRSRIAETQYVLNSTFTQNQSLFCLLQCVFQACKKLNRIELSDCEIYASCEPCPMCFGAIHLSRIKRLVYGAKAEAAIAIGFDDFIADALRGTGFYQKAHLEIKRADGNGAMIAEQVFEKTKEKFQLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器