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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001654`

染色体: Chr02 坐标: 30689682-30693479 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001654`
名称	SmilChr02G001654
描述	uncharacterized SmilChr02G001654
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	30689682 - 30693479 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008275`
GeneID	`131008275`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008275`
原始查询	`LOC131008275`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=27.1; qcov=0.344; evalue=9.39e-43; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.8; qcov=0.634; evalue=2.35e-108; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791145.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057791145.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791145.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791145.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791145.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:30689685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B129,B91,D2
`Chr2:30689699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	79	A1,A15,A18,A19,A2,A20,A7,A8,B107,B109,B110,B113,B118,B122,B124,B126,B128,B133,B134,B136,B14,B17,B21,B22,B23,B28,B3,B32,B33,B41,B44,B49,B61,B65,B68,B71,B74,B76,B78,B79,B81,B83,B86,B87,B88,C1,C14,C16,C19,C22,C24,C26,C28,C29,C3,C35,C40,C43,C45,C46,C47,C53,C56,C63,C67,C7,C72,C76,C77,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D2,D3,D6,D7
`Chr2:30689776`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A21,B135,B19,B78,B82,C1,C21
`Chr2:30689781`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A21,B135,B19,B78,B82,C1,C21
`Chr2:30689818`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B130,C37,C43
`Chr2:30689818`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B130,C37,C43
`Chr2:30689837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B108
`Chr2:30689865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B1,B68
`Chr2:30689896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A18,B10,B100,B120,B135,B27,B71,B88,B98,C47,C54,C62,C9
`Chr2:30689940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B1,B68,C42
`Chr2:30689952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B69,C25
`Chr2:30689961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B1,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791145.1

1265 aa

632

1265

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 385-646 aa PF13966 zf-RVT 912-982 aa PF13456 RVT_3 1112-1231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791145.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	385	646	2.6e-29	103.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057791145.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	912	982	4.2e-15	56.9	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057791145.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1112	1231	8.8e-18	65.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935162.1
ATGGTGCGAATGATCAGATTTCTCGTCGCTCTCTTTGGCACTGTTTTTATTGGTGATTTCAATGCAGTCAAGGGAGCCCATGAGCGTATTAGTTTTTTAGCTCCTCATCGTGGTTCTTGTGTTGATTTCTGTTCGTTTATCGAGGATACTCAATTTATTGAGTCTCTGACTGATGGTCTTCGTTTTACTTGGTCGGGTCGTCGCTTTTTACCTCACCATGTGGAATCGATGTTGGATAGAGCTATGTTCTCTCAAGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008275
ATGGTGCGAATGATCAGATTTCTCGTCGCTCTCTTTGGCACTGTTTTTATTGGTGATTTCAATGCAGTCAAGGGAGCCCATGAGCGTATTAGTTTTTTAGCTCCTCATCGTGGTTCTTGTGTTGATTTCTGTTCGTTTATCGAGGATACTCAATTTATTGAGTCTCTGACTGATGGTCTTCGTTTTACTTGGTCGGGTCGTCGCTTTTTACCTCACCATGTGGAATCGATGTTGGATAGAGCTATGTTCTCTCAAGGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791145.1
MVRMIRFLVALFGTVFIGDFNAVKGAHERISFLAPHRGSCVDFCSFIEDTQFIESLTDGLRFTWSGRRFLPHHVESMLDRAMFSQGFADFWDSIITTALPRLTSDHSPLVMQCRRATPSGKRQFRFLNMWVTHPSFGGMVGSSWMKSVDTFCLIARVMLKLKRLRDDIRIWNREVFGNVDIALSQWQQQLMDTQKQIADTSYTDDLFNEEVHLQAELNVALSRKSNLLQQKSRASWLSDGDRNTAFFHRLTKFKKRNNTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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