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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001668

染色体: Chr02 坐标: 30947040-30948221 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001668
名称SmilChr02G001668
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30947040 - 30948221 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008282
GeneID131008282
locus_tag-
NCBI NameLOC131008282
原始查询LOC131008282

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=31.4; qcov=0.631; evalue=3.89e-31; confidence=low
RiceOs11g0681300
-
identity=26.6; qcov=0.641; evalue=8.96e-26; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791153.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057791153.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791153.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791153.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30947078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B107,B136,B62,C60
Chr2:30947095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,C51,C55
Chr2:30947099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B140,B58,B70
Chr2:30947129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr2:30947191 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 15 A20,A23,A3,B107,B108,B33,B45,B47,B68,C29,C48,C7,C72,C80,D1
Chr2:30947213 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B123
Chr2:30947213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr2:30947265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:30947293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B66,C10
Chr2:30947300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C41,C65,C7
Chr2:30947333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr2:30947349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B66,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935170.1
ATGTGGCATATTACAATCAAGGTGGCTGAGAAGTTGCCGTCAAGATTGAGGGATAGCACCGATTTCAAGACCAAGTTTGGGAAAATTGTGTGGACTGATTTGGTTGAGCCTTATTTTTTTGAGGAGAGTTGGAAGAATCTTATGGATGAATACGACTTGTTGGATAATAGATGGTTTTCAGATATGTTTGAGGATCGTTCACACTGGATCCCGGCATATTTTAGAGATGTGAGTATGAGTGGATTATTCATAACGACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008282
ATGTGGCATATTACAATCAAGGTGGCTGAGAAGTTGCCGTCAAGATTGAGGGATAGCACCGATTTCAAGACCAAGTTTGGGAAAATTGTGTGGACTGATTTGGTTGAGCCTTATTTTTTTGAGGAGAGTTGGAAGAATCTTATGGATGAATACGACTTGTTGGATAATAGATGGTTTTCAGATATGTTTGAGGATCGTTCACACTGGATCCCGGCATATTTTAGAGATGTGAGTATGAGTGGATTATTCATAACGACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791153.1
MWHITIKVAEKLPSRLRDSTDFKTKFGKIVWTDLVEPYFFEESWKNLMDEYDLLDNRWFSDMFEDRSHWIPAYFRDVSMSGLFITTSLSESENSYFKRFLNKNGNIMMLYMHYCSALEAQRHNYHKITLADETGVLPLKTSLKIEKHASSIYTNNIFKEVQEEIYASQSYCSMYKMEDQADESIYTVHDNVDGKFVVRHRLDDSYSFCNCNLFVRKGILCKHIFLAFRTLQVDRIPDKYISIRWSKFRILSAMVPGLELG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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