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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002464

染色体: Chr01 坐标: 42337723-42338740 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002464
名称SmilChr01G002464
描述uncharacterized SmilChr01G002464
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42337723 - 42338740 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008287
GeneID131008287
locus_tag-
NCBI NameLOC131008287
原始查询LOC131008287

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]; symbol=AT1G66235; hit=AT1G66235; species=arabidopsis; confidence=low
产物no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]; symbol=AT1G66235; hit=AT1G66235; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=28; qcov=0.949; evalue=1.61e-13; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791160.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791160.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791160.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791160.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791160.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:42337787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B4,B51,C50
Chr1:42338189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B33,C2,C39,C46
Chr1:42338203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:42338211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr1:42338226 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C78
Chr1:42338226 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr1:42338255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B122
Chr1:42338266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B32,B69
Chr1:42338285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B70,C28,C65
Chr1:42338629 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 154 A1,A10,A11,A14,A15,A19,A20,A22,A25,A4,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B103,B105,B11,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B120,B123,B125,B126,B13,B130,B134,B135,B136,B138,B139,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B5,B50,B52,B55,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B86,B89,B90,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C12,C14,C15,C16,C18,C19,C23,C24,C25,C27,C29,C30,C31,C35,C36,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C51,C52,C55,C56,C6,C63,C64,C65,C66,C68,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C83,C87,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D8,D9
Chr1:42338672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,D4
Chr1:42338680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935177.1
ATGGAGATATCTCAAGATTCAGAAACGGGAATACACCAAAGAAAAGAAAAATTTTGGGATCGTGTTAGGGAAGTTTACAACGAGGAGAAACCCAGTCCAAATATGTATACTCGAAGTTCAAGATCACTTGAAACTCGCATGCAGTTCACTGGTGCAAAAGAATTGATGGTGCTAGACACAAAATATAATAAAGGCTTCAAGTTCGAGCATGTGTGGTCTACTATGAAAGATTTTCAAAAGTTTGATTGTCCTTCACAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008287
ATGGAGATATCTCAAGATTCAGAAACGGGAATACACCAAAGAAAAGAAAAATTTTGGGATCGTGTTAGGGAAGTTTACAACGAGGAGAAACCCAGTCCAAATATGTATACTCGAAGTTCAAGATCACTTGAAACTCGCATGCAGTTCACTGGTGCAAAAGAATTGATGGTGCTAGACACAAAATATAATAAAGGCTTCAAGTTCGAGCATGTGTGGTCTACTATGAAAGATTTTCAAAAGTTTGATTGTCCTTCACAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791160.1
MEISQDSETGIHQRKEKFWDRVREVYNEEKPSPNMYTRSSRSLETRMQFTGAKELMVLDTKYNKGFKFEHVWSTMKDFQKFDCPSQNSRQQMSASQSDSLPQSPISPDGLSNFSINLSDGSGSGSGSSHRPDDFGGSGSDIGGSGSDVGGSGSDLGPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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