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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002465`

染色体: Chr01 坐标: 42339358-42340635 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002465`
名称	SmilChr01G002465
描述	uncharacterized SmilChr01G002465
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42339358 - 42340635 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008295`
GeneID	`131008295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008295`
原始查询	`LOC131008295`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=69.1; qcov=0.327; evalue=1.9e-63; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=52.4; qcov=0.751; evalue=9.91e-123; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791168.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057791168.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057791168.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791168.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791168.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42339391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B55,B79,C76
`Chr1:42339451`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B90
`Chr1:42339471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A18,C11,C25,C72
`Chr1:42339478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B129,B55,B79
`Chr1:42339538`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A8,B39,B91,C47,C78,C79,C83,C84,D8
`Chr1:42339560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr1:42339567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr1:42339569`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B123
`Chr1:42339569`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B123
`Chr1:42339582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B57,C35,C36,C39
`Chr1:42339584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:42339615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791168.1

425 aa

212

425

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 81-118 aa PF04827 Plant_tran 187-388 aa PF13359 DDE_Tnp_4 216-379 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791168.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	81	118	6.9e-18	64.8	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057791168.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	187	388	4.8e-106	353.6	Plant transposon protein
`XP_057791168.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	216	379	6.7e-14	52.5	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935185.1
ATGAATCATCATAATATTGGTTCTTCTTCACTACTTTCTCATTCAAGTTCAAGCTCATCTGATGATGAGCTTGAACAATTAATCAACGAGTGTGATGTTGAACATCAATTGATGGGTCAACATATCTTGAATAACAATCTTATTGTAGCTCAACTGGCTGAATATCAAAATGCTACAAAAATTCATGGAGGTTCAGTTCTTGGTCACAAGGTAATCCATCGTGACCGAGAAGCAGCAGCTCATCGTCTCTTCAACGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008295
ATGAATCATCATAATATTGGTTCTTCTTCACTACTTTCTCATTCAAGTTCAAGCTCATCTGATGATGAGCTTGAACAATTAATCAACGAGTGTGATGTTGAACATCAATTGATGGGTCAACATATCTTGAATAACAATCTTATTGTAGCTCAACTGGCTGAATATCAAAATGCTACAAAAATTCATGGAGGTTCAGTTCTTGGTCACAAGGTAATCCATCGTGACCGAGAAGCAGCAGCTCATCGTCTCTTCAACGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791168.1
MNHHNIGSSSLLSHSSSSSSDDELEQLINECDVEHQLMGQHILNNNLIVAQLAEYQNATKIHGGSVLGHKVIHRDREAAAHRLFNDYFSENPTFNEGMFHRRFRMSRSLFFRIVDDVKNHNSFFKQRTDCTGRWGLSTLQKITAAFRILAYEVPADATDEYINIRESTAIKCVKKFCRAIVEIFSDQYLRSPNASNVARLLYIGKQRGFPGMLGSLDCIHWKWKNCPTGWAGSYAGRSGSPTIILEIVADYDLWIWHAFF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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