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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001723

染色体: Chr02 坐标: 31699763-31700811 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001723
名称SmilChr02G001723
描述uncharacterized SmilChr02G001723
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向31699763 - 31700811 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008304
GeneID131008304
locus_tag-
NCBI NameLOC131008304
原始查询LOC131008304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791175.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057791175.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791175.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791175.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791175.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:31699836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:31699842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:31699845 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B40
Chr2:31699845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:31699925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B12,B139,B78,C53
Chr2:31699929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:31699956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,C76,C86
Chr2:31700067 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A3,B23,B4,B82,C27,C44,C76,C81,C86
Chr2:31700097 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 33 A14,A20,B108,B111,B12,B120,B124,B134,B135,B139,B140,B2,B22,B3,B31,B43,B44,B48,B52,B59,B61,B65,B7,B84,B97,C17,C29,C37,C70,C78,C81,D4,D7
Chr2:31700185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:31700190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:31700215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B103,C1,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935192.1
ATGGATGAAGAAGTCCGATATGTGATGGGCGAAAGTGTTTCGGCTGTGATCCAACGGAAGTTACCCACAAAACGGAAGGATCCGGGAATGTTTACCATTCCGTGCAACATTGGTGGAACAAACATGGATAAAGCGATGATGGACTTGGGAGCTTCCATAAATGTGATGCCACTGGCCGTTTATAAGAGGTTGAACATTGGGGCAATGAGGAATACCCTTGTGGTCACACAGTTGGCCGACAGATCCAACGCCTATCCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008304
ATGGATGAAGAAGTCCGATATGTGATGGGCGAAAGTGTTTCGGCTGTGATCCAACGGAAGTTACCCACAAAACGGAAGGATCCGGGAATGTTTACCATTCCGTGCAACATTGGTGGAACAAACATGGATAAAGCGATGATGGACTTGGGAGCTTCCATAAATGTGATGCCACTGGCCGTTTATAAGAGGTTGAACATTGGGGCAATGAGGAATACCCTTGTGGTCACACAGTTGGCCGACAGATCCAACGCCTATCCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791175.1
MDEEVRYVMGESVSAVIQRKLPTKRKDPGMFTIPCNIGGTNMDKAMMDLGASINVMPLAVYKRLNIGAMRNTLVVTQLADRSNAYPGGVVEDVLIKVGDLIFPADFYVLDTGPETGENAILLERSLMMTTGTKIDMKTEILTCEFDGVQEEFNIYETMKRKQEMETMDMINVFETLVQEHGIDFGSGDTTKKVIQYGLTDRDAKRMEDEDIKEAIMELYSLRESTLDAEMEVDQRIKDVRSIQLEEQQQKLPKHLQYAYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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