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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001843

染色体: Chr02 坐标: 33641703-33644023 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001843
名称SmilChr02G001843
描述transcription factor TCP4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33641703 - 33644023 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008329
GeneID131008329
locus_tag-
NCBI NameLOC131008329
原始查询LOC131008329

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TCP4-like
产物transcription factor TCP4-like
ArabidopsisAT3G15030 (TCP4)
TCP family transcription factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820732]
identity=40.8; qcov=1.1; evalue=1.83e-24; confidence=medium
RiceOs01g0213800 (OsPCF5)
-
identity=35.8; qcov=1.06; evalue=4.6e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791196.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791196.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791196.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791196.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33641744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B117,C24,C27,C83
Chr2:33641758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B125,C41,D1,D6
Chr2:33641774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B6,C67
Chr2:33641782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:33641784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:33641793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B125,C41
Chr2:33641795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B34,B8,C62,C71
Chr2:33641805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:33641813 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B37,B57,C59,C71,C8
Chr2:33641813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B57,C59,C71,C8
Chr2:33641817 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B125,C41
Chr2:33641817 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B125,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935213.1
ATGGAGCTACCCGCCTGGCATCCCACTTCCGCCCTCGAGGAGGAGCGCCGCCGCCACCAGTTTGGTATCGATTTGGTGATTGCCAACACCAACAGCCGCAACGCCAACACCCAGAATTCGAGCTTCCTTCCGCTGTTCGACGCCATCGCTGATACCATCAAGTCCTTCTTCCCCGCTTCGGCCGAGGCCAGCTACGGTGCGATGCAATTTCAAAGCTTCCCAACTCTCGATTTGGTGTCAAGAAACGGTGGTGGCAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008329
ATGGAGCTACCCGCCTGGCATCCCACTTCCGCCCTCGAGGAGGAGCGCCGCCGCCACCAGTTTGGTATCGATTTGGTGATTGCCAACACCAACAGCCGCAACGCCAACACCCAGAATTCGAGCTTCCTTCCGCTGTTCGACGCCATCGCTGATACCATCAAGTCCTTCTTCCCCGCTTCGGCCGAGGCCAGCTACGGTGCGATGCAATTTCAAAGCTTCCCAACTCTCGATTTGGTGTCAAGAAACGGTGGTGGCAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791196.1
MELPAWHPTSALEEERRRHQFGIDLVIANTNSRNANTQNSSFLPLFDAIADTIKSFFPASAEASYGAMQFQSFPTLDLVSRNGGGSSSQDLRLSLQSFQDSILLHHHSEQPQPQPQTQVLLCGTPLGLDGWPEHHQFQRLAAWNGGGDEYLLNVPPAPSQNQFVSQRGPLQSSNTPSICVWMDPSIDHPPINPSSIGFASGFYIPARIQGDEEEHDGYSDKPSSASSDSRY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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