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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001851

染色体: Chr02 坐标: 33737930-33738989 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001851
名称SmilChr02G001851
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33737930 - 33738989 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008333
GeneID131008333
locus_tag-
NCBI NameLOC131008333
原始查询LOC131008333

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=33; qcov=0.809; evalue=1.01e-22; confidence=low
RiceOs01g0527900
-
identity=28.1; qcov=0.624; evalue=9.19e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008333

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791198.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791198.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791198.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791198.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791198.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33738213 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 B12,B32,B42,B48,B86,B95,C14,C34,C39,C53,C57,C62,C63,D2
Chr2:33738226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B24,C48,D1
Chr2:33738237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr2:33738262 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 20 A13,A18,A21,A25,A8,B124,B132,B39,B46,B68,B79,B8,B87,B91,B99,C48,C68,C75,C84,D9
Chr2:33738286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B35,B64
Chr2:33738294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:33738340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B61,B80,C40
Chr2:33738354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B61,B80,C40
Chr2:33738357 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 24 A23,B108,B117,B12,B121,B128,B133,B136,B18,B23,B33,B69,B75,B81,B83,B86,C14,C15,C23,C24,C38,C6,C71,D11
Chr2:33738387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C64,C66
Chr2:33738401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,C10,C70
Chr2:33738405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,C30,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935215.1
ATGCTTAAGAATTGGATTCGTGAAACAGCGAAAGATGATATAGAACGAGAGATGATTGCTATTGCTGATGAAGAAGATGCAGAAACAGCTCATAACCGTGAAAATATGTTCAACTCTCAAACCTTCACATCTCAACCTTTCACTTCTCAACCCTTTGCCTCTCAAATTCCATCACATTGTACACAAATTAACCTCACTGATGACGATGATGTTGTCGAAATTCCCACAAGCACAAAAAAATCAAAGAGAAAATGGTCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008333
ATGCTTAAGAATTGGATTCGTGAAACAGCGAAAGATGATATAGAACGAGAGATGATTGCTATTGCTGATGAAGAAGATGCAGAAACAGCTCATAACCGTGAAAATATGTTCAACTCTCAAACCTTCACATCTCAACCTTTCACTTCTCAACCCTTTGCCTCTCAAATTCCATCACATTGTACACAAATTAACCTCACTGATGACGATGATGTTGTCGAAATTCCCACAAGCACAAAAAAATCAAAGAGAAAATGGTCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791198.1
MLKNWIRETAKDDIEREMIAIADEEDAETAHNRENMFNSQTFTSQPFTSQPFASQIPSHCTQINLTDDDDVVEIPTSTKKSKRKWSVSEEICLAQAWGTISNSSIVGNAQKNKEFWEKTVEYYNAARPKDSEPRKWEAIKSHYYHIMPDVNIFSGWYNNFYENRASGQSDEDVLDATLEKWRSVNPKKEFKYQHVWKIMRDLEKWAPQQMARHASKKAKTSESESHTSTEGMPEVRRRPMGQQRAKKLDKSKGKGKLVEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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