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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001932

染色体: Chr02 坐标: 34739313-34740095 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001932
名称SmilChr02G001932
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向34739313 - 34740095 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008364
GeneID131008364
locus_tag-
NCBI NameLOC131008364
原始查询LOC131008364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=36.5; qcov=0.685; evalue=4.31e-30; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=40.9; qcov=0.988; evalue=4.16e-54; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791232.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057791232.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791232.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791232.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791232.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:34739318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B82,C53
Chr2:34739328 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr2:34739328 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 D3
Chr2:34739333 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr2:34739333 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 1 D3
Chr2:34739336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B82,C21
Chr2:34739378 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C34,C58
Chr2:34739378 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 C34,C58
Chr2:34739406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B82,B9,C21
Chr2:34739415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr2:34739430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B18,C38
Chr2:34739431 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 A3,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935249.1
ATGAAGTTCAACATGGAAAATAGCAGATCTGTCAATGTACCTCTTGGCTCTCATTTTGAATTGAGTAAAAAGCAATGTCCTAAAACTGATCTTGAACTTGAAGAAATGAGAAACATTCCATATGCTAATGCTATAGGCTCTGTCATGTACTTGATGATTAGTACTAGGCCAGATATTGCTTATGCTGTTTCTTGTTTAAGTAGATATATGGCAAATCCCGGTGTTCCTCATTGGGAAGCTTTGAAATGGTTGTTCAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008364
ATGAAGTTCAACATGGAAAATAGCAGATCTGTCAATGTACCTCTTGGCTCTCATTTTGAATTGAGTAAAAAGCAATGTCCTAAAACTGATCTTGAACTTGAAGAAATGAGAAACATTCCATATGCTAATGCTATAGGCTCTGTCATGTACTTGATGATTAGTACTAGGCCAGATATTGCTTATGCTGTTTCTTGTTTAAGTAGATATATGGCAAATCCCGGTGTTCCTCATTGGGAAGCTTTGAAATGGTTGTTCAGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791232.1
MKFNMENSRSVNVPLGSHFELSKKQCPKTDLELEEMRNIPYANAIGSVMYLMISTRPDIAYAVSCLSRYMANPGVPHWEALKWLFRYLKSTMHYGLNFAKAQDGIKCVGYVDSNYANDMDSRKSSTSYVFTLCDACISWKSQLQNIVALSTTESEYIAATEAVKEAIWLDGLLSEIRYIDDKPIVFSDSQSAIQLCKNPVFHDRTKHIDVKYHFIRDVVEKGNVLLDKIPSEFNPADMGTKCLPVAKLESCLETLNIGPG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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