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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001954

染色体: Chr02 坐标: 35252986-35253949 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001954
名称SmilChr02G001954
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向35252986 - 35253949 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008371
GeneID131008371
locus_tag-
NCBI NameLOC131008371
原始查询LOC131008371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
产物probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
ArabidopsisAT1G06470 (AT1G06470)
Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837159]
identity=69.4; qcov=0.904; evalue=6.75e-36; confidence=medium
RiceOs06g0153200
-
identity=70.6; qcov=0.904; evalue=5.02e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057791238.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057791238.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057791238.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057791238.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057791238.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35253469 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B103,B53,C61
Chr2:35253469 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B103,B53,C61
Chr2:35253475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr2:35253564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C67
Chr2:35253566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B68,C18,C85
Chr2:35253578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B129,C7,D5
Chr2:35253595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C8
Chr2:35253627 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 25 A14,A5,A9,B105,B109,B110,B13,B137,B18,B20,B39,B41,B44,B56,B64,B76,C1,C22,C44,C56,C58,C63,C65,C66,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935255.1
GCTGCATTATACCTGACTCAACTGATTCAGTCTTGGTGTCTGAATAATTTTGTTCTTGTTTATGTTTTATTACCTATATATGCTCTCATGGTTGTGTTCCTTTCTTTTGTTTTTTAACAATTGGTACATGATGATATCAAAAATGGAATGAAGAAAGAAACCTATGGTCTTAAAAATCCACTTACTTTGATGAGCTATGTGACCCCTATAATGGCAATTGCAACTGGTGTTCTTTCTTTGATGCTGGATCCATGGCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008371
ATGAAGAAAGAAACCTATGGTCTTAAAAATCCACTTACTTTGATGAGCTATGTGACCCCTATAATGGCAATTGCAACTGGTGTTCTTTCTTTGATGCTGGATCCATGGCATGAATTGAGAAAGAACGATTACTTTAATAGCTCATCGCATATTCTGAGAAGTAGTTTGCTAATGTTGTTTGGTGGCACTCTGGCTTTCTTCATGGTATTAACAGAATATGTTCTTGTGTCTGTAACAAGTGCAGTAACAGCTACTTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791238.1
MKKETYGLKNPLTLMSYVTPIMAIATGVLSLMLDPWHELRKNDYFNSSSHILRSSLLMLFGGTLAFFMVLTEYVLVSVTSAVTATFHLLSGLGC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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