当前解析结果
SmilChr02G001960| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001960 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001960 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 35386959 - 35387426 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008374 |
|---|---|
| GeneID | 131008374 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008374 |
| 原始查询 | LOC131008374 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=32.2; qcov=0.961; evalue=7.48e-26; confidence=low |
| Rice | Os08g0125300- identity=38.2; qcov=0.981; evalue=1.55e-33; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07727 (RVT_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008374 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791241.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057791241.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791241.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791241.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791241.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:35386959 |
CTA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 18 | B101,B109,B112,B114,B120,B122,B53,B58,B66,B68,C10,C18,C32,C45,C52,C63,C72,C81 |
Chr2:35386960 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 172 | A1,A10,A13,A14,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,A8,A9,B104,B105,B107,B108,B11,B111,B112,B117,B118,B119,B121,B122,B123,B126,B128,B130,B132,B133,B136,B138,B139,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B24,B25,B26,B28,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B52,B54,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B91,B92,B94,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C15,C16,C17,C20,C21,C22,C25,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C65,C68,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C83,C84,D3,D5,D7,D8,D9 |
Chr2:35386984 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr2:35386995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr2:35387001 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,B9 |
Chr2:35387003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B104,C12,C55,C79 |
Chr2:35387014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B19,B25,B63 |
Chr2:35387014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B25,B63 |
Chr2:35387028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B19,B25,B27,B63 |
Chr2:35387035 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr2:35387056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B75,B76,D3 |
Chr2:35387062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B52,B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791241.1PF07727
RVT_2 2-64 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791241.1 |
Pfam | PF07727 |
RVT_2 | Domain | 2 | 64 | 9.1e-08 | 32.7 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。