当前解析结果
SmilChr02G002066| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002066 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002066 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002066 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 37214568 - 37216041 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008402 |
|---|---|
| GeneID | 131008402 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008402 |
| 原始查询 | LOC131008402 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0117400; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os10g0117400; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0117400- identity=28.3; qcov=0.419; evalue=1.09e-12; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008402 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791267.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057791267.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791267.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791267.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057791267.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:37214586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B61,D11 |
Chr2:37214590 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B40,C36 |
Chr2:37214591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B61,D11 |
Chr2:37214592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:37214632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C81 |
Chr2:37214653 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,A9,B99 |
Chr2:37214654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr2:37214676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr2:37214690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:37214709 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B3,B66,C61 |
Chr2:37214733 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B123,B140,B28,B89,C16,C21,D4 |
Chr2:37214748 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 188 | A1,A13,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A6,A7,A8,B1,B10,B101,B102,B103,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B127,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B65,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B99,C1,C10,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C49,C50,C51,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C71,C73,C74,C75,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791267.1PF24964
DUF7769 7-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791267.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 7 | 60 | 2.2e-09 | 37.6 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。