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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002129

染色体: Chr02 坐标: 38142935-38143879 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002129
名称SmilChr02G002129
描述uncharacterized SmilChr02G002129
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向38142935 - 38143879 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008410
GeneID131008410
locus_tag-
NCBI NameLOC131008410
原始查询LOC131008410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=33.7; qcov=0.293; evalue=2.21e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791275.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057791275.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791275.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791275.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791275.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:38142939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B79,C80
Chr2:38142943 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 68 A15,A16,A21,A25,A6,A9,B100,B102,B109,B113,B118,B121,B124,B128,B135,B136,B140,B15,B2,B23,B28,B35,B41,B42,B43,B50,B56,B61,B64,B68,B72,B76,B78,B80,B81,B83,B84,B89,B93,B95,B96,C17,C18,C27,C29,C30,C33,C43,C44,C47,C48,C5,C50,C51,C55,C6,C61,C74,C76,C78,C79,C80,C85,C87,D1,D11,D4,D9
Chr2:38142949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C48,C87
Chr2:38142951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:38142955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B56,B64,B96
Chr2:38142987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,D11
Chr2:38142989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:38143007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B34,B99,D6
Chr2:38143009 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A21,A25,B104,B113,B28,C53,C74
Chr2:38143033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B56,B64,B96
Chr2:38143048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C61
Chr2:38143059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B62,B7,B95,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935292.1
ATGGGGATCAACCCCAGAGAACATGCCCAAGTTGTGCTAACTAAGTTTCCAGAAGGAGAGGATAAGGAAGAAGAGTTGTTGGCTGAGGCTGAACTGAACCAAAGAAATCTGAATAAAAATGGTGATAGTCTAACCGCGGAACAAGTTGGAGGTAGCAACCTGACCGACGCACCCTATCCAGGACGCCTGAGACAGAAAGCCAAAGAGAATGAAGCAAGTGAAATGATGAAGATGTTCCAGAAAGTGGAGTTAAGCATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008410
ATGGGGATCAACCCCAGAGAACATGCCCAAGTTGTGCTAACTAAGTTTCCAGAAGGAGAGGATAAGGAAGAAGAGTTGTTGGCTGAGGCTGAACTGAACCAAAGAAATCTGAATAAAAATGGTGATAGTCTAACCGCGGAACAAGTTGGAGGTAGCAACCTGACCGACGCACCCTATCCAGGACGCCTGAGACAGAAAGCCAAAGAGAATGAAGCAAGTGAAATGATGAAGATGTTCCAGAAAGTGGAGTTAAGCATACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791275.1
MGINPREHAQVVLTKFPEGEDKEEELLAEAELNQRNLNKNGDSLTAEQVGGSNLTDAPYPGRLRQKAKENEASEMMKMFQKVELSIPLLDAIRQIPKYAKFLKDLRSRKVKMEEEVRYVVGESVSAVIQRKLPIKRKDSGIFTIPCNIGRTNMDKAMMDLGSSINVTPLAVYKRLNIGAMRNTRVVIQLADRSNTYPEGVVEDVLIKIGDLIFPADFYVLDTGPETGENAILLGRPFMMTVGTKIEMKTGILTCEFDGVH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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