当前解析结果
SmilChr02G002172| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002172 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002172 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002172 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 38948107 - 38950899 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008423 |
|---|---|
| GeneID | 131008423 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008423 |
| 原始查询 | LOC131008423 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G06740 (MUG3)MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=22.8; qcov=1.05; evalue=3.63e-43; confidence=weak |
| Rice | Os06g0704400- identity=31; qcov=0.855; evalue=8.35e-82; confidence=low |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008423 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791287.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791287.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791287.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791287.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057791287.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:38948121 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 77 | A1,A19,A20,A3,A4,A8,B104,B105,B107,B109,B110,B112,B120,B121,B129,B130,B135,B18,B19,B20,B22,B30,B33,B37,B4,B47,B48,B49,B55,B6,B60,B63,B67,B69,B74,B82,B84,B86,B88,B9,B91,B94,B97,B98,B99,C10,C11,C19,C20,C22,C26,C28,C3,C34,C35,C37,C40,C41,C42,C45,C49,C58,C6,C60,C63,C64,C69,C7,C71,C72,C75,C77,C8,C80,C9,D2,D7 |
Chr2:38948127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B134,B37,B75 |
Chr2:38948127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B37,B75 |
Chr2:38948138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B27,B37,B75 |
Chr2:38948152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B137,C9 |
Chr2:38948157 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A23,B107,B11,B137,B54,C8,C9 |
Chr2:38948190 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A16,A3,A4,A7,B111,B121,B127,B18,B21,B29,B3,B42,B54,B61,B67,B75,C11,C18,C28,C39,C42,C44,C47,C50,C63,C67,C69,C71,C83,D8 |
Chr2:38948197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,C35,C48 |
Chr2:38948219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr2:38948236 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B115,C38,C45,C49 |
Chr2:38948236 |
C |
CAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B115,C38,C45,C49 |
Chr2:38948245 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,B50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791287.1PF10551
MULE 279-375 aa
PF00872
Transposase_mut 301-417 aa
PF04434
SWIM 476-499 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791287.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 279 | 375 | 2.1e-17 | 64.0 | MULE transposase domain |
XP_057791287.1 |
Pfam | PF00872 |
Transposase_mut | Family | 301 | 417 | 7e-06 | 25.9 | Transposase, Mutator family |
XP_057791287.1 |
Pfam | PF04434 |
SWIM | Domain | 476 | 499 | 1.3e-08 | 34.9 | SWIM zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。