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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002188

染色体: Chr02 坐标: 39076725-39077762 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002188
名称SmilChr02G002188
描述zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39076725 - 39077762 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008425
GeneID131008425
locus_tag-
NCBI NameLOC131008425
原始查询LOC131008425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like
产物zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like
ArabidopsisAT3G42170 (DAYSLEEPER)
BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769417]
identity=26.8; qcov=0.769; evalue=7.67e-11; confidence=low
RiceOs03g0822100
-
identity=28.6; qcov=0.882; evalue=7.83e-18; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791289.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791289.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791289.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791289.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791289.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39076838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C55,D6
Chr2:39076917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:39076942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C15
Chr2:39077029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr2:39077204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B56,B64,B96
Chr2:39077323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B56,B64,B96
Chr2:39077491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935306.1
GCATATGTTAGTGATTGTTTGTGTTTTGAAGTTAGCATTATTTGTTGCTGTCTGCTGAACTTCATTGAACTTCATTGCTGTTGTTGGTTGTGTGCAGTCCTTAACTTCATTTAGAACATATAAATGTGTCAATTGCTCTAAATCAATCTAATAAGGGTAACTCTTTCAGTTGATAATAGCATTCTCCCCTCCTGAAGTCTCCTCAACAATGCCCAATGCAATAACATCTCAAAACTCCATTGACAATCAACATTCAACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008425
ATGCCCAATGCAATAACATCTCAAAACTCCATTGACAATCAACATTCAACGGATGATCATATTGTTACAAATACTGACATTGAAGGTGGAAGTGGAGATGGTGAAACAGGTGGAAGTGCAGATGGTGAAACAGGTGGGAGTGGAGATGGTGATACAGGAGGAGCAGAAGATGATTTGCACTTTCAGCTGAAGAAGAGACAAAAGACTTCGAAAGTTTGGTTGGAGTTCAATGTAATTGATGCTGTCAATAAAGCCGAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791289.1
MPNAITSQNSIDNQHSTDDHIVTNTDIEGGSGDGETGGSADGETGGSGDGDTGGAEDDLHFQLKKRQKTSKVWLEFNVIDAVNKAECKHCKSRLSILKSKSTTHLSRHLACCLKRKLNQKQQQKISLEPINENSVSMASIALTDGKFDMRKMREAIAHWILMHEHPFTIVEEEGFNMMQKRAALDWEKVSRNTIKKDCTQVYDIERKKLMAQLKNINKISVTTDLWRSTNQKIEYMSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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