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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002203`

染色体: Chr02 坐标: 39238765-39239775 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002203`
名称	SmilChr02G002203
描述	uncharacterized SmilChr02G002203
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39238765 - 39239775 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008432`
GeneID	`131008432`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008432`
原始查询	`LOC131008432`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	orf258; symbol=orf258; hit=gene-orf258; species=rice; confidence=low
产物	orf258; symbol=orf258; hit=gene-orf258; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=23.2; qcov=0.845; evalue=1.84e-09; confidence=weak
Rice	`gene-orf258` (orf258) - identity=27.3; qcov=0.676; evalue=1.31e-15; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791296.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791296.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057791296.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791296.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791296.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39238777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:39238802`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C5
`Chr2:39238813`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C14
`Chr2:39238813`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C14
`Chr2:39238841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A11,A19,B112,B125,B13,B130,B25,B80,B89,B98,C86
`Chr2:39238843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C60
`Chr2:39238848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr2:39238849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B26,B5,C59,D3
`Chr2:39238875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,C19,C31,C35
`Chr2:39238915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:39238917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C14
`Chr2:39238930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A1,A13,B117,C27,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791296.1

336 aa

168

336

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 57-127 aa PF13456 RVT_3 235-332 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791296.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	127	1.7e-14	54.9	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057791296.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	235	332	1.9e-07	31.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935313.1
ATGTTTCTTCCCCACGAGCAGCATGCTATTCTTACTACTCCCATTGGGGAAAAAACACCACGTGATAATGTGTGTTGGGGCTTCGAGACGAAGGGTAATTTCACTATTAAGTCAGCTTGCCTTGTTGAGATTGGCTATTATGAAACGGATCCGAATACCAGTTATCGAGATCGAAAATTCTGGAGCAAGCTGGTCTGGTCCTTGTCTGTTCTTCCCAAATCAAAAGTGTTTGCTTGGAGAGCTTTTAATAATTTGATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008432
ATGTTTCTTCCCCACGAGCAGCATGCTATTCTTACTACTCCCATTGGGGAAAAAACACCACGTGATAATGTGTGTTGGGGCTTCGAGACGAAGGGTAATTTCACTATTAAGTCAGCTTGCCTTGTTGAGATTGGCTATTATGAAACGGATCCGAATACCAGTTATCGAGATCGAAAATTCTGGAGCAAGCTGGTCTGGTCCTTGTCTGTTCTTCCCAAATCAAAAGTGTTTGCTTGGAGAGCTTTTAATAATTTGATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791296.1
MFLPHEQHAILTTPIGEKTPRDNVCWGFETKGNFTIKSACLVEIGYYETDPNTSYRDRKFWSKLVWSLSVLPKSKVFAWRAFNNLIPTGANMLEHHVPVSGHCDACHDRWGSTEHCLLFCPMTYKIWKWSHFSHVLRNCALLPLTAIASAIRNEFAKSDYELWIIMLWQTWIMLCKWKHGDRKEMEQVDEISCVALWDSFQNAKSILSRDNKLGFKLGERKWLKPGHGVLRVDVDASYFPDKSGYGVGVVIRDRDHMGFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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