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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002318

染色体: Chr02 坐标: 40804330-40804839 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002318
名称SmilChr02G002318
描述uncharacterized SmilChr02G002318
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40804330 - 40804839 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008459
GeneID131008459
locus_tag-
NCBI NameLOC131008459
原始查询LOC131008459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF01107 (MP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008459

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791318.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057791318.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057791318.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791318.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40804351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr2:40804359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr2:40804380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C36
Chr2:40804394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:40804424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:40804449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B122,B73,C86
Chr2:40804453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B33,C66
Chr2:40804466 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A9,C18,C49
Chr2:40804466 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 A9,C18,C49
Chr2:40804472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B33,C66
Chr2:40804473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:40804474 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 73 A14,A15,A18,A19,A20,A22,A3,A7,B101,B106,B109,B112,B114,B115,B122,B135,B15,B19,B20,B21,B25,B34,B36,B38,B39,B40,B53,B55,B56,B62,B65,B66,B68,B74,B75,B77,B82,B84,B88,B94,B96,C1,C10,C11,C15,C24,C31,C34,C35,C40,C41,C42,C44,C45,C47,C51,C52,C54,C56,C57,C6,C62,C63,C67,C69,C76,C80,C81,C87,D1,D11,D2,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791318.1
169 aa
N
1
84
169
MP
C
PF01107 MP 6-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791318.1 Pfam PF01107 MP Family 6 118 5.8e-26 92.0 Viral movement protein (MP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935335.1
ATGAAGCCAGAAGTCGCTAATACGATGAAATGGATTCATATAGGGGCAATTCAGTTGGTGATCAAATCTGCTCTTTATCCAGGAACAGATACACCAATCGACATTGCTATTTGTGATAAGAGAATCACAAATGCAAAGGATTCAGTATTGGGAGCCTTTGCAGGCAACCTTTATGCCAAACAGATTATAGCCGAGTTATATCCACAGATCGCTTATAATCTCCAAGATGCAGCCTTCAGCCGAACCCTGACATTATATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008459
ATGAAGCCAGAAGTCGCTAATACGATGAAATGGATTCATATAGGGGCAATTCAGTTGGTGATCAAATCTGCTCTTTATCCAGGAACAGATACACCAATCGACATTGCTATTTGTGATAAGAGAATCACAAATGCAAAGGATTCAGTATTGGGAGCCTTTGCAGGCAACCTTTATGCCAAACAGATTATAGCCGAGTTATATCCACAGATCGCTTATAATCTCCAAGATGCAGCCTTCAGCCGAACCCTGACATTATATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791318.1
MKPEVANTMKWIHIGAIQLVIKSALYPGTDTPIDIAICDKRITNAKDSVLGAFAGNLYAKQIIAELYPQIAYNLQDAAFSRTLTLYQDYKRKELMTGGNRPYSITYQVSYALSNSHHTNLFLGKDFIEIPEICKEVAKAIGPDHVEIPRLREIDIDIGDKHVLKYEESL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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