Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002351`

染色体: Chr02 坐标: 41299216-41300166 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002351`
名称	SmilChr02G002351
描述	uncharacterized SmilChr02G002351
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41299216 - 41300166 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008470`
GeneID	`131008470`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008470`
原始查询	`LOC131008470`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=24.7; qcov=0.475; evalue=3.73e-06; confidence=weak
Rice	`Os02g0118800` - identity=23.8; qcov=0.946; evalue=1.27e-12; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008470

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791328.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057791328.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057791328.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791328.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791328.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41299216`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B68,C41,D11
`Chr2:41299222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:41299297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	A14,A24,A5,B110,B138,B29,B32,B66,B81,C25,C5,C52,C60,C62,C73,C87
`Chr2:41299324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:41299350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B52,C20
`Chr2:41299354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B11,B58,C79,C8
`Chr2:41299363`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B58,C79
`Chr2:41299393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A13,B1,B129,B34,B44,B5,B63,B67,B75,B82,C33,D5
`Chr2:41299396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B104,C33
`Chr2:41299403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr2:41299420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C70
`Chr2:41299422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791328.1

316 aa

158

316

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 118-212 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791328.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	118	212	4.9e-15	56.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935345.1
ATGGCGAAAGGGGGAAGCTTGGAGGAGAGGTGGTTTTTGGATAACATCAAATGCAAATTAGGGGAGGGAAAACAAACCAAATTCTGGATCCATCCTTGGGCAGGGACGACACCCCTTAGATTTACCTTTCCTAGGTTTTTTCATCTGTGTGAGAATAAGGATGTTAATGTGAGCGACTTGGGCAGGTGGGAAAATGGTAGGTGGATTTGGGAGCTGAAATGGAGGAGAGAGCTCTTTGATTGGGAGCGGGGAGGGGGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008470
ATGGCGAAAGGGGGAAGCTTGGAGGAGAGGTGGTTTTTGGATAACATCAAATGCAAATTAGGGGAGGGAAAACAAACCAAATTCTGGATCCATCCTTGGGCAGGGACGACACCCCTTAGATTTACCTTTCCTAGGTTTTTTCATCTGTGTGAGAATAAGGATGTTAATGTGAGCGACTTGGGCAGGTGGGAAAATGGTAGGTGGATTTGGGAGCTGAAATGGAGGAGAGAGCTCTTTGATTGGGAGCGGGGAGGGGGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791328.1
MAKGGSLEERWFLDNIKCKLGEGKQTKFWIHPWAGTTPLRFTFPRFFHLCENKDVNVSDLGRWENGRWIWELKWRRELFDWERGGGATNSLLSVISDVCPSAGTDDQWIWCGAKDGSFSTKTAYMAIKASRNAIALAVINEKELAMVWDTPAIHKARVNAWRIMRNRMPTYNNLGKRSVPLTTEEMTCNACFHSPESANHIFLSCPKSERVWDEVQRWMGITSARPRLIASHFVTFIHMGRGKRIEKLLKAIWMCTNWIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器