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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002355

染色体: Chr02 坐标: 41340616-41341587 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002355
名称SmilChr02G002355
描述uncharacterized SmilChr02G002355
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41340616 - 41341587 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008472
GeneID131008472
locus_tag-
NCBI NameLOC131008472
原始查询LOC131008472

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=43.8; qcov=0.249; evalue=3.52e-17; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791330.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791330.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057791330.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791330.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791330.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41340647 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 B128,B27,B38,B39,B44,B62,B85,C11,C25,C31,C52,C67,C69,C73,C80,C83
Chr2:41340654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C50,C62
Chr2:41340673 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr2:41340673 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr2:41340691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:41340758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B78
Chr2:41340850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:41340864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:41340930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C25,C54,C56,C69,D6
Chr2:41341103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B5,B6,C6
Chr2:41341121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B5,B6,B85,C6
Chr2:41341273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935347.1
ATGTACAACACCATTCACATCGATGAGAAGTGGTTTTACCGTACCAAAACCAATGATAGGTATTACCTGCTGCCGGATGAAGGGGAACCATATCGTACATGCAAATCAAAGAGGTACATTGAAAAGATTATATTTATGTGTGCCGTTGCCCCACCAATATTTGGCCTAGATGGCAGATGCATATTTGATGGAAAGTTTGGGATATTTCCTTTCACAACCATGGAGACAGCACAACGGAATTCAAAAAACAGAATGAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008472
ATGTACAACACCATTCACATCGATGAGAAGTGGTTTTACCGTACCAAAACCAATGATAGGTATTACCTGCTGCCGGATGAAGGGGAACCATATCGTACATGCAAATCAAAGAGGTACATTGAAAAGATTATATTTATGTGTGCCGTTGCCCCACCAATATTTGGCCTAGATGGCAGATGCATATTTGATGGAAAGTTTGGGATATTTCCTTTCACAACCATGGAGACAGCACAACGGAATTCAAAAAACAGAATGAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791330.1
MYNTIHIDEKWFYRTKTNDRYYLLPDEGEPYRTCKSKRYIEKIIFMCAVAPPIFGLDGRCIFDGKFGIFPFTTMETAQRNSKNRMKGTMEVKPITAVTKEVMKCCLLKEMIPNFKAKWPVGANKHIYIQQDNAKPHIKPNDPDFLAVANTDGFKFQLVCQPANSPDTNVNDLGFFRAIQTLKDQKPAGNVEELLKNVKDAYDEYPLEKLNHVFITLQSCYHEIIKARGGNDYKIPHMNKERLSRLGLLPDCIQVEETLVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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