Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002557`

染色体: Chr01 坐标: 43698739-43699914 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002557`
名称	SmilChr01G002557
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	43698739 - 43699914 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008477`
GeneID	`131008477`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008477`
原始查询	`LOC131008477`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
产物	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=36.5; qcov=1.14; evalue=9.34e-54; confidence=medium
Rice	`gene-orf490` (orf490) - identity=36.6; qcov=1.1; evalue=1.61e-55; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07727 (RVT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008477

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791336.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057791336.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057791336.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791336.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791336.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:43698750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A11,B107,B110,B112,B115,B119,B15,B17,B18,B2,B34,B36,B49,B5,C25,C31,C5,C55,C71,C74,D11,D8,D9
`Chr1:43698780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B24,B7
`Chr1:43698784`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A14,B23,B50,C19,C28,C70,D5
`Chr1:43698785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	73	A1,A13,A21,A4,A6,B1,B100,B104,B108,B113,B115,B118,B12,B120,B121,B124,B125,B129,B13,B132,B134,B136,B139,B16,B2,B20,B24,B31,B32,B33,B35,B42,B43,B46,B51,B54,B55,B59,B65,B68,B69,B71,B76,B85,B9,B90,B92,C1,C10,C13,C17,C19,C20,C23,C40,C41,C42,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C59,C64,C66,C80,C83,C85,C87,D10,D11,D2
`Chr1:43698788`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	A14,B23,B50,C28,C70,D5
`Chr1:43698898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,D4
`Chr1:43698903`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B123,D4
`Chr1:43698903`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,D4
`Chr1:43698917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	61	A1,A13,A21,A6,B1,B108,B113,B115,B118,B12,B121,B124,B125,B129,B132,B134,B136,B139,B16,B20,B31,B32,B42,B43,B46,B51,B54,B55,B59,B65,B68,B69,B71,B85,B9,B90,B92,C1,C10,C13,C17,C20,C23,C40,C41,C42,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C59,C64,C66,C80,C83,C85,C87,D10,D11
`Chr1:43698993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B24,B7
`Chr1:43699037`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B25,C35
`Chr1:43699037`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B25,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791336.1

300 aa

150

300

RVT_2

PF07727 RVT_2 8-56 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791336.1`	Pfam	`PF07727`	RVT_2	Domain	8	56	2e-12	48.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935353.1
ATGGGACTTTGGATAGATACAAAGCCAGTAGCTAAGCTTGTTACTGTCAAAGTTATGCTCTCCTTAGTAGCTGCATGTAACTGGTCTCTTACTCACCTTGATATTAACAATACTTTCTTATATGGTGATTTATCTGAGGACATCTATATGGAATTACCTCCTGGCCTTCTTGATCCAGAGGGGCGCCCTTATCCCCCAGTGCTTTTGGTTTTGTTCAATCCGCTTGTGATCATTCTTTCTTCTACAAAAGGGAGGGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008477
ATGGGACTTTGGATAGATACAAAGCCAGTAGCTAAGCTTGTTACTGTCAAAGTTATGCTCTCCTTAGTAGCTGCATGTAACTGGTCTCTTACTCACCTTGATATTAACAATACTTTCTTATATGGTGATTTATCTGAGGACATCTATATGGAATTACCTCCTGGCCTTCTTGATCCAGAGGGGCGCCCTTATCCCCCAGTGCTTTTGGTTTTGTTCAATCCGCTTGTGATCATTCTTTCTTCTACAAAAGGGAGGGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791336.1
MGLWIDTKPVAKLVTVKVMLSLVAACNWSLTHLDINNTFLYGDLSEDIYMELPPGLLDPEGRPYPPVLLVLFNPLVIILSSTKGRASKFLGLVVYVDDILLTSNDDASVAAFKEFLSLTAGHVLLPWSLGNIYPLTKVLISDSTTYRRLIGRLLYLTLTRPDITFVVNNLSQFVSKPCNGHLLAAERVLKYLKGTIGHGLFFSKTSTFSLSAFCDADWAACPDTRKSVAGFDVFLGSSLISWRSKKQNTISRSSVEAKYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器