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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002394

染色体: Chr02 坐标: 41843408-41844457 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002394
名称SmilChr02G002394
描述uncharacterized SmilChr02G002394
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41843408 - 41844457 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008482
GeneID131008482
locus_tag-
NCBI NameLOC131008482
原始查询LOC131008482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=28.2; qcov=0.223; evalue=5.1e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791339.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791339.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791339.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791339.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41843410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:41843456 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 41 A4,A5,B105,B106,B111,B112,B124,B128,B24,B27,B38,B39,B40,B48,B55,B57,B62,B64,B73,B85,B87,B89,B99,C11,C13,C25,C31,C34,C48,C52,C67,C69,C72,C73,C78,C80,C83,C85,C86,C87,D5
Chr2:41843465 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A20,B129,B137,B33,B56,B6,B74,B79,B96,C36,C46,C67,C7
Chr2:41843489 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 144 A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A25,A5,A6,A8,A9,B10,B100,B102,B103,B105,B107,B11,B110,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B123,B126,B127,B130,B131,B133,B134,B135,B137,B140,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B44,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B57,B58,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B75,B76,B77,B78,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B94,B97,B99,C1,C10,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C24,C27,C28,C3,C30,C32,C33,C35,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C47,C50,C51,C52,C54,C55,C59,C63,C64,C66,C68,C70,C71,C75,C77,C79,C8,C80,C81,C84,C9,D2,D3,D5,D7
Chr2:41843533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:41843569 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A4,A5,B105,B106,B111,B112,B124,B128,B24,B27,B38,B39,B40,B48,B55,B57,B62,B64,B73,B85,B87,B89,B99,C11,C13,C25,C31,C34,C48,C52,C67,C69,C72,C73,C78,C80,C83,C85,C86,C87,D5
Chr2:41843572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:41843580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:41843630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:41843651 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 103 A14,A18,A2,A20,A21,A22,A25,A5,A6,A8,A9,B10,B102,B103,B105,B107,B11,B110,B113,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B126,B127,B131,B133,B134,B140,B18,B19,B2,B22,B23,B27,B3,B31,B32,B34,B36,B4,B44,B48,B50,B52,B53,B57,B58,B6,B62,B67,B69,B70,B71,B72,B75,B77,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B94,B99,C1,C10,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C24,C28,C3,C30,C32,C33,C35,C38,C39,C41,C43,C51,C63,C64,C66,C68,C71,C75,C77,C80,D11,D2,D5,D7
Chr2:41843664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr2:41843665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935356.1
ATGGCCGAATTGATTGGTTCTCAACAATTCTTGCAGAACAATGTACAACAGCTTCAACAGTCTCATGCCGAACACAAAGTACAAATGGAAGGGTTAGCTCGTCAAATGTCTCAGCTTGCAACGTCCGTGAATCAAGTCAAGGGAAGTCAAGGTAGATTACCATCCCAAGTTACAGTTAATCCGAATGAGAATGTAAGCAAGATTACTTTGAGGAGTGGTACGGAGTTGAGTGGGCCCACAAACCAGAACTCAAAGAGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008482
ATGGCCGAATTGATTGGTTCTCAACAATTCTTGCAGAACAATGTACAACAGCTTCAACAGTCTCATGCCGAACACAAAGTACAAATGGAAGGGTTAGCTCGTCAAATGTCTCAGCTTGCAACGTCCGTGAATCAAGTCAAGGGAAGTCAAGGTAGATTACCATCCCAAGTTACAGTTAATCCGAATGAGAATGTAAGCAAGATTACTTTGAGGAGTGGTACGGAGTTGAGTGGGCCCACAAACCAGAACTCAAAGAGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791339.1
MAELIGSQQFLQNNVQQLQQSHAEHKVQMEGLARQMSQLATSVNQVKGSQGRLPSQVTVNPNENVSKITLRSGTELSGPTNQNSKSGSSKDSGAKSQLQKSENSRETKYSANQNADQSDLAKRNDDPAAAQKGKEAEHELVEGKQIKVYKPSSLHDLMIEIPVSFPRRLAKKKLEDELIDFMKIFGKLEINLPFLQALKIPPLSKFVKDFIAGKSKESGKIVMGENVSAVIQKELPPKCKDPCMFSLQIFIGDTRIEHAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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