当前解析结果
SmilChr02G002423| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002423 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002423 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002423 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 42198261 - 42199616 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008492 |
|---|---|
| GeneID | 131008492 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008492 |
| 原始查询 | LOC131008492 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=33.2; qcov=0.705; evalue=1.06e-36; confidence=low |
| Rice | Os06g0597250- identity=39.3; qcov=1.11; evalue=9.61e-89; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008492 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791349.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.60000 | XP_057791349.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057791349.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791349.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791349.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:42198264 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr2:42198265 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B49,B93 |
Chr2:42198285 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr2:42198299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B128,B53,B82 |
Chr2:42198306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B82 |
Chr2:42198313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B24,C65 |
Chr2:42198313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C65 |
Chr2:42198314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 48 | A14,A4,A9,B1,B112,B122,B125,B14,B24,B26,B27,B28,B30,B32,B38,B40,B42,B55,B57,B62,B64,B67,B85,B89,B94,B99,C1,C13,C16,C31,C34,C35,C38,C48,C5,C50,C52,C60,C69,C72,C73,C76,C78,C80,C83,C85,C86,D1 |
Chr2:42198330 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B100,B85 |
Chr2:42198333 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr2:42198353 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,C61 |
Chr2:42198360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,C24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791349.1PF28509
DUF8418 66-104 aa
PF04827
Plant_tran 154-244 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 187-308 aa
PF04827
Plant_tran 242-317 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791349.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 66 | 104 | 2.3e-16 | 60.0 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057791349.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 154 | 244 | 6e-63 | 212.9 | Plant transposon protein |
XP_057791349.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 187 | 308 | 2.4e-06 | 28.0 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057791349.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 242 | 317 | 6e-63 | 212.9 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。