Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004524

染色体: Chr02 坐标: 67824127-67826226 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004524
名称SmilChr02G004524
描述probable N-acetyltransferase HLS1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67824127 - 67826226 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008516
GeneID131008516
locus_tag-
NCBI NameLOC131008516
原始查询LOC131008516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable N-acetyltransferase HLS1
产物probable N-acetyltransferase HLS1
ArabidopsisAT4G37580 (HLS1)
Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829913]
identity=50; qcov=1; evalue=1.13e-130; confidence=high
RiceOs03g0764000
-
identity=48; qcov=1; evalue=2.62e-116; confidence=high
GOGO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG-
PfamPF00583 (Acetyltransf_1); PF13508 (Acetyltransf_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057791371.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057791371.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057791371.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057791371.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67824537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,C39,C64,C66,D11
Chr2:67824727 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B84
Chr2:67824727 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B84
Chr2:67824922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B64
Chr2:67825056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,D4
Chr2:67825069 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B97
Chr2:67825069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:67825726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:67825985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A24,A3,A5,D4
Chr2:67826066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791371.1
402 aa
N
1
201
402
Acetyltransf_1
Acetyltransf_7
C
PF00583 Acetyltransf_1 69-167 aa PF13508 Acetyltransf_7 71-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791371.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 69 167 3.6e-15 57.0 Acetyltransferase (GNAT) family
XP_057791371.1 Pfam PF13508 Acetyltransf_7 Domain 71 168 3.4e-07 31.3 Acetyltransferase (GNAT) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935388.1
CTATATATAACCACTCTCTCCATATCGAAACTTTAATTAAAGACACACAATCAATCTCTCAAATCATGCCCTTCTCCAAAATAGCAGCGGAGAATGATGTAGCTAGCTCGGCGGAGAAGCCACCGGTGGTGGTGAGAGAATACGAGCAAGTGAGAGATAAGGCGGCGGTGGAGGAGCTCGAGAGGCGGTGTGAGGTCGGGCAGCCCGGGAAGCCGTCGCTCGTGACCGACCTCATGGGAGACCCTATTGCTAGAGTCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008516
ATGCCCTTCTCCAAAATAGCAGCGGAGAATGATGTAGCTAGCTCGGCGGAGAAGCCACCGGTGGTGGTGAGAGAATACGAGCAAGTGAGAGATAAGGCGGCGGTGGAGGAGCTCGAGAGGCGGTGTGAGGTCGGGCAGCCCGGGAAGCCGTCGCTCGTGACCGACCTCATGGGAGACCCTATTGCTAGAGTCCGCAACTTCGTCTCGCACATTATGCTCGTGGCTGAATATAATGATGGGAGAGAAATAGTTGGGGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791371.1
MPFSKIAAENDVASSAEKPPVVVREYEQVRDKAAVEELERRCEVGQPGKPSLVTDLMGDPIARVRNFVSHIMLVAEYNDGREIVGVIRGCIKTVTSGKSCSQSPIYVKLAYILGLRVSSTHRRLGIATKLVQELEEWCKKNGAEYAYMATECSNQASLNLFTQKCNYVKFRNPTVLVQPVHFHEKPLPSDVAVVRVPPDVAESVYRNIFSGSEFFPKDIDRLLSNKLNLGTLMALPKKLLPNWNPNSGELPASFAILSVW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器