当前解析结果
SmilChr02G004524| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004524 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004524 |
| 描述 | probable N-acetyltransferase HLS1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 67824127 - 67826226 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008516 |
|---|---|
| GeneID | 131008516 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008516 |
| 原始查询 | LOC131008516 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable N-acetyltransferase HLS1 |
| 产物 | probable N-acetyltransferase HLS1 |
| Arabidopsis | AT4G37580 (HLS1)Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829913] identity=50; qcov=1; evalue=1.13e-130; confidence=high |
| Rice | Os03g0764000- identity=48; qcov=1; evalue=2.62e-116; confidence=high |
| GO | GO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00583 (Acetyltransf_1); PF13508 (Acetyltransf_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008516 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.40000 | XP_057791371.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057791371.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057791371.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057791371.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791371.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:67824537 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B129,C39,C64,C66,D11 |
Chr2:67824727 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B84 |
Chr2:67824727 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr2:67824922 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B62,B64 |
Chr2:67825056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,D4 |
Chr2:67825069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B97 |
Chr2:67825069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:67825726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:67825985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,A24,A3,A5,D4 |
Chr2:67826066 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791371.1PF00583
Acetyltransf_1 69-167 aa
PF13508
Acetyltransf_7 71-168 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791371.1 |
Pfam | PF00583 |
Acetyltransf_1 | Family | 69 | 167 | 3.6e-15 | 57.0 | Acetyltransferase (GNAT) family |
XP_057791371.1 |
Pfam | PF13508 |
Acetyltransf_7 | Domain | 71 | 168 | 3.4e-07 | 31.3 | Acetyltransferase (GNAT) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。