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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004526

染色体: Chr02 坐标: 67842087-67857646 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004526
名称SmilChr02G004526
描述ABC transporter C family member 13
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67842087 - 67857646 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008518
GeneID131008518
locus_tag-
NCBI NameLOC131008518
原始查询LOC131008518

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter C family member 13
产物ABC transporter C family member 13
ArabidopsisAT2G07680 (ABCC13)
multidrug resistance-associated protein 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815414]
identity=61.7; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0620000 (MRP1)
-
identity=34.7; qcov=0.859; evalue=0; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057791374.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057791374.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057791374.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791374.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791374.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67842870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:67843143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr2:67845345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C71,D3
Chr2:67846604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr2:67846871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B93,C2,D10,D6
Chr2:67848494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,C8,C85,D7
Chr2:67849112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr2:67854143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:67856407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:67856881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B36,B82,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791374.1
1473 aa
N
1
736
1473
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 302-569 aa PF00005 ABC_tran 642-775 aa PF00664 ABC_membrane 916-1161 aa PF00005 ABC_tran 1253-1400 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791374.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 302 569 2.1e-62 212.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057791374.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 642 775 6.1e-46 157.1 ABC transporter
XP_057791374.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 916 1161 2.1e-62 212.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057791374.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1253 1400 6.1e-46 157.1 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935391.1
GCTATATGATCTCATTCCACTTTATCTTGCCACCTTTTGAACATTAACATAGTCTATGCAAGCCGGCTTTCGAACTAAATTCCTGCGACACTGCACTTCAATGGCGGAGTTGACGACCTTCATCTGCCCTCATTCTCCGTACGTGTGGAATCGCAATGGAGTTTCAGAGTGTTTCTGCAATTTAGTGCTTGGCTTTGGGGCCAACATACTTACTGTGGTTATCATTCTTGTGTTTTGGATCATCAATAGGCATCAGAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008518
ATGCAAGCCGGCTTTCGAACTAAATTCCTGCGACACTGCACTTCAATGGCGGAGTTGACGACCTTCATCTGCCCTCATTCTCCGTACGTGTGGAATCGCAATGGAGTTTCAGAGTGTTTCTGCAATTTAGTGCTTGGCTTTGGGGCCAACATACTTACTGTGGTTATCATTCTTGTGTTTTGGATCATCAATAGGCATCAGAGACAATTGAGGAGGGTTCATTCAGCAAACAATGGACTTTCTTTTGTCGCTGCGTTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791374.1
MQAGFRTKFLRHCTSMAELTTFICPHSPYVWNRNGVSECFCNLVLGFGANILTVVIILVFWIINRHQRQLRRVHSANNGLSFVAAFGLCFALFDVVMLSLARMSAQTIMYHEWLYACSGFLVWMTVMIVSRWDTRLDVLCNGIMCVWWIIKLLLLMPRLQITYTSYQAIRWIREVFGAVLHITFATFINIVRVKIVYYGYGISSMVDPLLPYQRQAEEGPLTDSGIVRKAWHLMTFKIIDPVIRHGSNKQLDFEDLLQLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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