Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004529

染色体: Chr02 坐标: 67874239-67877088 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004529
名称SmilChr02G004529
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67874239 - 67877088 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008519
GeneID131008519
locus_tag-
NCBI NameLOC131008519
原始查询LOC131008519

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G80880 (AT1G80880)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844428]
identity=44.7; qcov=0.991; evalue=1.68e-156; confidence=medium
RiceOs08g0272200
-
identity=40.8; qcov=0.851; evalue=1.22e-119; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008519

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791375.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791375.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791375.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791375.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791375.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67874838 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B25
Chr2:67874838 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B25
Chr2:67874886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:67875167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C5
Chr2:67875177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:67875400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,C27,C31,C56,C70
Chr2:67875495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:67876647 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B29
Chr2:67876647 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B29
Chr2:67876794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791375.1
544 aa
N
1
272
544
PPR
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 194-218 aa PF13812 PPR_3 280-338 aa PF01535 PPR 296-324 aa PF17177 PPR_long 309-409 aa PF13812 PPR_3 315-372 aa PF13041 PPR_2 327-375 aa PF01535 PPR 331-359 aa PF13812 PPR_3 350-407 aa PF01535 PPR 366-394 aa PF13812 PPR_3 417-473 aa PF01535 PPR 432-459 aa PF13041 PPR_2 432-477 aa PF12854 PPR_1 461-492 aa PF01535 PPR 466-496 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 194 218 7e-31 105.0 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 280 338 3.4e-23 82.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 296 324 7e-31 105.0 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 309 409 8.4e-13 48.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057791375.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 315 372 3.4e-23 82.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791375.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 375 7.3e-45 151.6 PPR repeat family
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 331 359 7e-31 105.0 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 350 407 3.4e-23 82.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 366 394 7e-31 105.0 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 417 473 3.4e-23 82.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 432 459 7e-31 105.0 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 432 477 7.3e-45 151.6 PPR repeat family
XP_057791375.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 461 492 3.8e-24 84.8 PPR repeat
XP_057791375.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 466 496 7e-31 105.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935392.1
ATTTTGATTATTTCCCATAACTTAGAATTTTCATGTACACAACGAAGAATAAATAACTAAATTTAGCTTGAAATCGCGCCTCTTGTACCGGGAAAATGATTTGAAAGCAGCATGAACCTCTCCCACCAAAATCATGGCATCGCTTCTTTCTATTGTTAGGAGGCTCCAATTCCAGACATTGCGCCCAATTTCATGTTCCTCTCAATTCTCACGTTCTATACCTCGCCAACTTCAGCTTTACTTCTCACAAGCATTTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008519
ATGGCATCGCTTCTTTCTATTGTTAGGAGGCTCCAATTCCAGACATTGCGCCCAATTTCATGTTCCTCTCAATTCTCACGTTCTATACCTCGCCAACTTCAGCTTTACTTCTCACAAGCATTTCATCAAACACCTCGCCAACGATGCAGACACGCTCCTCACGCCGGCAGCCGGCTCCAAAATCACAGCCACAGCCACAGCCAATCAATTTATAGAATTACCGATTTCTTGGAACATGCAGACGAAATCCCTGAAGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791375.1
MASLLSIVRRLQFQTLRPISCSSQFSRSIPRQLQLYFSQAFHQTPRQRCRHAPHAGSRLQNHSHSHSQSIYRITDFLEHADEIPEDAQLGLRGFLERVQNAKDIASGDEAIAFLDDSGVKPDKDFIFSALWALREDWKLAFLVFKWGVKWDCVVNKTWCLMIWLLGNHNKFSTAWTVVHELYRALKDARQAMLIMIDRYAAANQPGKAIETFHFMQKFSFSLEQKTYFMFLNILCTHGNIEEAEEFMFLNKKFFPLETES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器