Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004536

染色体: Chr02 坐标: 67930185-67938959 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004536
名称SmilChr02G004536
描述probable protein phosphatase 2C 60
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67930185 - 67938959 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008530
GeneID131008530
locus_tag-
NCBI NameLOC131008530
原始查询LOC131008530

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein phosphatase 2C 60
产物probable protein phosphatase 2C 60
ArabidopsisAT4G31860 (AT4G31860)
Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829315]
identity=66; qcov=0.994; evalue=7.53e-168; confidence=high
RiceOs06g0651600 (OsPP2C58)
-
identity=61.5; qcov=1.01; evalue=1.25e-161; confidence=high
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791415.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791415.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057791417.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791415.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791415.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67930503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D6
Chr2:67930626 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B132
Chr2:67930626 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B132
Chr2:67930735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:67932117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,A5
Chr2:67932176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:67933750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C30
Chr2:67935752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:67938591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B36,B82,B86
Chr2:67938592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B84
Chr2:67938600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791415.1
385 aa
N
1
192
385
PP2C
PP2C
C
PF00481 PP2C 65-145 aa PF00481 PP2C 172-352 aa
XP_057791416.1
378 aa
N
1
189
378
PP2C
PP2C
C
PF00481 PP2C 58-138 aa PF00481 PP2C 165-345 aa
XP_057791417.1
377 aa
N
1
188
377
PP2C
PP2C
C
PF00481 PP2C 57-137 aa PF00481 PP2C 164-344 aa
XP_057791418.1
343 aa
N
1
172
343
PP2C
PP2C
C
PF00481 PP2C 23-103 aa PF00481 PP2C 130-310 aa
XP_057791419.1
343 aa
N
1
172
343
PP2C
PP2C
C
PF00481 PP2C 23-103 aa PF00481 PP2C 130-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791415.1 Pfam PF00481 PP2C Family 65 145 1.4e-77 261.5 Protein phosphatase 2C
XP_057791415.1 Pfam PF00481 PP2C Family 172 352 1.4e-77 261.5 Protein phosphatase 2C
XP_057791416.1 Pfam PF00481 PP2C Family 58 138 1.3e-77 261.6 Protein phosphatase 2C
XP_057791416.1 Pfam PF00481 PP2C Family 165 345 1.3e-77 261.6 Protein phosphatase 2C
XP_057791417.1 Pfam PF00481 PP2C Family 57 137 1.3e-77 261.6 Protein phosphatase 2C
XP_057791417.1 Pfam PF00481 PP2C Family 164 344 1.3e-77 261.6 Protein phosphatase 2C
XP_057791418.1 Pfam PF00481 PP2C Family 23 103 9.1e-78 262.2 Protein phosphatase 2C
XP_057791418.1 Pfam PF00481 PP2C Family 130 310 9.1e-78 262.2 Protein phosphatase 2C
XP_057791419.1 Pfam PF00481 PP2C Family 23 103 9.1e-78 262.2 Protein phosphatase 2C
XP_057791419.1 Pfam PF00481 PP2C Family 130 310 9.1e-78 262.2 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935432.1
GAGGTAATTTGAGGAAGATGGATATTGCTATTGAGAACAACGATTACATATGCCCTTTTTGCCTTGCCCAAGAAGAGTCTTCTAAACATCTCCTCTTGTCATGCTCGTTTTTCAGCTGTGTTTAGGAGAGTATTTGTTTATTGTTGAAGATTTATCGTCTCTCTTCAGCTTCTCTTATAGATCACTTTTTTGAGTTTGTGAGCTTGGGCAAAAACAAAGTTCAAAAAGTTATATTTAACATTACTTGGCAGTGTGTATGT...
XM_057935433.1
ATGCCCTTTTTGCCTTGCCCAAGAAGAGTCTTCTAAACATCTCCTCTTGTCATGCTCGTTTTTCAGCTGTGTTTAGGAGAGTATTTGTTTATTGTTGAAGATTTATCGTCTCTCTTCAGCTTCTCTTATAGATCACTTTTTTGAGTTTGTGAGCTTGGGCAAAAACAAAGTTCAAAAAGTTATATTTAACATTACTTGGCAGTGTGTATGTTGGAAGCTATGGAAAAGCTAGGAATGAGAGAATCTTCAAAGGGATGAGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131008530
ATGGATCAAGACGATGTTTTCTACTCCGAAACACTATACAGCGACAGAAATCACAATTATCGATCATTACTCTCTCAGCTTCACTTTTCTCCAGAGCTTGAAATGGGGGTATACCTTAGCACTCCCAAGACTGGAAAAGCCTCAGAGGATGGTGAAAATGACAGGCTTAGATATGGCTTGTCCTCTATGCAGGGTTGGCGAGCTACTATGGAAGATGCTCATGCCGCGTTCACAAATTTGGATGATTCAACCTCTTTCTT...
LOC131008530
ATGTTTTCTACTCCGAAACACTATACAGCGACAGAAATCACAATTATCGATCATTACTCTCTCAGCTTCACTTTTCTCCAGAGGAATTTGTTCTTGCAGCTTGAAATGGGGGTATACCTTAGCACTCCCAAGACTGGAAAAGCCTCAGAGGATGGTGAAAATGACAGGCTTAGATATGGCTTGTCCTCTATGCAGGGTTGGCGAGCTACTATGGAAGATGCTCATGCCGCGTTCACAAATTTGGATGATTCAACCTCTTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057791415.1
MFSSKFCYSASPKHYTATEITIIDHYSLSFTFLQRNLFLQLEMGVYLSTPKTGKASEDGENDRLRYGLSSMQGWRATMEDAHAAFTNLDDSTSFFGVYDGHGGNEVSKFCAKFLHQQVLNDEAYATGDLENSVRKAFLRMDEMMCGRKGQKELELLRGKVDQSTSNGENLQKTEEDYGKDVLSSDEGTQTDYSGPSSGSTACIAIIRNNQLLVANAGDSRCVMSRKGKAYELSKDHKPDHATEKKRILDAGGYVQYGRVN...
XP_057791416.1
MFSTPKHYTATEITIIDHYSLSFTFLQRNLFLQLEMGVYLSTPKTGKASEDGENDRLRYGLSSMQGWRATMEDAHAAFTNLDDSTSFFGVYDGHGGNEVSKFCAKFLHQQVLNDEAYATGDLENSVRKAFLRMDEMMCGRKGQKELELLRGKVDQSTSNGENLQKTEEDYGKDVLSSDEGTQTDYSGPSSGSTACIAIIRNNQLLVANAGDSRCVMSRKGKAYELSKDHKPDHATEKKRILDAGGYVQYGRVNGSLNLSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器