Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002608`

染色体: Chr01 坐标: 44269414-44270211 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002608`
名称	SmilChr01G002608
描述	uncharacterized SmilChr01G002608
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44269414 - 44270211 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008556`
GeneID	`131008556`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008556`
原始查询	`LOC131008556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825798]; symbol=AT4G04650; hit=AT4G04650; species=arabidopsis; confidence=low
产物	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825798]; symbol=AT4G04650; hit=AT4G04650; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G04650` (AT4G04650) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825798] identity=26.2; qcov=0.762; evalue=3.41e-07; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=22.9; qcov=0.709; evalue=2.56e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791454.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057791454.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791454.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791454.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791454.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44269458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B100,B105,B15,B9,C12,C47,C84,D11
`Chr1:44269463`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B108,B16,C24
`Chr1:44269463`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B108,B16,C24
`Chr1:44269516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr1:44269531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B28,D9
`Chr1:44269549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C48
`Chr1:44269561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D1
`Chr1:44269583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B93,C82
`Chr1:44269583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C82
`Chr1:44269605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C48
`Chr1:44269653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A9,B22,B50,B76,B80,B89,B98,C1,C44,C46,C48,C6,C61,D8
`Chr1:44269682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B84,C79,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791454.1

265 aa

132

265

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 145-219 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791454.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	145	219	4.2e-14	53.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935471.1
ATGATTAAAGGGGCAGATTGGGCTCATCAAATCATGCGCTCTAGATATCTTACTGATTTTAGCTACGCTAAGCAGAATATTGCTAATTCTTCTATTTGGATTGGGTTGAAGGATGAAGTGAATCAGTTAGTGGATGATTCTTATTCCTGTATTGATCGTGGTGATGGCACCTTTTTTTGGAGAGATGATTGGCTTGGTTATAAGCTTGTTGATAAGCTTAAGATTCATTCTTACATGCATGATTTTCTTAATTTTTCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008556
ATGATTAAAGGGGCAGATTGGGCTCATCAAATCATGCGCTCTAGATATCTTACTGATTTTAGCTACGCTAAGCAGAATATTGCTAATTCTTCTATTTGGATTGGGTTGAAGGATGAAGTGAATCAGTTAGTGGATGATTCTTATTCCTGTATTGATCGTGGTGATGGCACCTTTTTTTGGAGAGATGATTGGCTTGGTTATAAGCTTGTTGATAAGCTTAAGATTCATTCTTACATGCATGATTTTCTTAATTTTTCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791454.1
MIKGADWAHQIMRSRYLTDFSYAKQNIANSSIWIGLKDEVNQLVDDSYSCIDRGDGTFFWRDDWLGYKLVDKLKIHSYMHDFLNFSVHDYFYDDVWHFSTAFVNRFPEVVADILLLPMNGGKDVRFWKHSVRGEVSAALAFSRKCHRFPEVNWGKWIWEPFILVRRSILCWRVIHGRLPTLDILVRQGLVAPNGCSLCFESGESISHVLWNCSKVKPIWREFLSWFDKAPLGDCLDIHLFLVLAWATKFSLQILSFWKAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器