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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004607`

染色体: Chr02 坐标: 68569660-68579495 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004607`
名称	SmilChr02G004607
描述	lysine-specific demethylase REF6
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68569660 - 68579495 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008565`
GeneID	`131008565`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008565`
原始查询	`LOC131008565`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine-specific demethylase REF6
产物	lysine-specific demethylase REF6
Arabidopsis	`AT3G48430` (REF6) relative of early flowering 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824002] identity=52.7; qcov=0.759; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0279100` (JMJ702) - identity=35.9; qcov=1.14; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0034647 (histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02373 (JmjC); PF02375 (JmjN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008565

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791470.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057791470.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791470.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791470.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791470.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68570413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:68570683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:68570731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr2:68570801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B82,B86,D7
`Chr2:68576105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B89,C40,C75
`Chr2:68576113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B13,D11
`Chr2:68576233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:68576279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:68576289`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr2:68576289`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A24
`Chr2:68576915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:68576943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791470.1

1264 aa

632

1264

JmjN

JmjC

PF02375 JmjN 24-57 aa PF02373 JmjC 219-336 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791470.1`	Pfam	`PF02375`	JmjN	Family	24	57	4.6e-15	55.9	jmjN domain
`XP_057791470.1`	Pfam	`PF02373`	JmjC	Domain	219	336	1.9e-37	128.9	JmjC domain, hydroxylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935487.1
ATCAAAACCACTGTCCGCTTCCCACCCTTTTTTACCTAAGCCACTCTCTCTCACACCTCACCCTCTCACTTCCCCTCTTTCCTCTGTTCATTCTCACCCGAAAAACAGAGGAAAACTAGAAACCCCAACAAAAACAGAGGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAACGGAACCCCACCTCCGAAAATGGAAGAATAGAGCAAAAGAGATTCTCAACCAGTATTCTTTGACTTCTCGCTCCTCTTTTTATTTTTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008565
ATGGCTGTGGAGGCGAGTGTTGCTGGGAATATTGAGGTACCTCCATGGCTGAAATCGATGGCGGTGGCCCCAGAGTACCACCCGACTCTCGCTGAGTTTCAAGATCCAATTGCTTACATTTTTAAGATTGAGAAAGAGGCCTCCAAGTATGGTATCTGCAAGATAGTTCCTCCTGTGCCTGCTGCTCCCAGGAAAACTGTGGTTTCCAATTTGAACAAATCCCTCGTTGCTCGCTCTGAATCCGGCCCCACTTTCACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791470.1
MAVEASVAGNIEVPPWLKSMAVAPEYHPTLAEFQDPIAYIFKIEKEASKYGICKIVPPVPAAPRKTVVSNLNKSLVARSESGPTFTTRQQQIGFCPRKHRPVQKPVWQSGERYTLAEFEVKARNFEKNYLKKYAKKVLSALDIETLYWNAMVDKPLSVEYANDMPGSAFVAHKSGGGKKNEGAMTVGETEWNMRRLSRENLSLLRFMKEEIPGVTSPMVYVAMMFSWFAWHVEDHDLHSMNYLHLGSGKTWYGVPKEAAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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