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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004621

染色体: Chr02 坐标: 68732778-68734765 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004621
名称SmilChr02G004621
描述adenine/guanine permease AZG2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68732778 - 68734765 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008584
GeneID131008584
locus_tag-
NCBI NameLOC131008584
原始查询LOC131008584

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenine/guanine permease AZG2
产物adenine/guanine permease AZG2
ArabidopsisAT5G50300 (AZG2)
Xanthine/uracil permease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835095]
identity=66.3; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0427700
-
identity=58.5; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005345 (purine nucleobase transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791498.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791498.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791498.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791498.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68732990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:68733256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B76,B8,C64,C66
Chr2:68733321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B52
Chr2:68733352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B104,B129,C49,D7
Chr2:68733432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:68733487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:68733493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:68733807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:68733832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A3,B58,B82
Chr2:68733871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr2:68734015 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C36
Chr2:68734015 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791498.1
527 aa
N
1
264
527
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 97-478 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791498.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 97 478 2.9e-24 86.2 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935515.1
TTCCTTAAAAGACATGATTGTTGCTCTTGCTTTTTGTTTTCTAATGCCTATCTCTGACAATATCACTCATACCCAAAACCCATGCTATAAAATAGTGCACAAACATCCTCAAAGTTAATTTAATTTCCTATACTTATCTATATCTAACATTAATATATACGTACATACTCTGCACTAAACCGAAGCAGAGTGAATACTCACACACACAGAGATGGGGAGAGAGTGGCAAAAAATGCAAAACGGGTTAAACGATGCGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008584
ATGGGGAGAGAGTGGCAAAAAATGCAAAACGGGTTAAACGATGCGATTTCAAAGAGCAAAGTTGGCAAGTTCTTCAAGTTGGAGAGCAGAAACACCTCCTTCGCTAGAGAGCTGCGCGCCGCTACCGCCACGTTCCTCACCATGGCCTATATTATCTTCGTCAACGCCACCATCCTAACGGATTCCGGCGGCACCTGCTCCGTTTCGGATTGCACGGCCGCCGGAAACCAAACCGCCACCGCAGACTGCGTGTTGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791498.1
MGREWQKMQNGLNDAISKSKVGKFFKLESRNTSFARELRAATATFLTMAYIIFVNATILTDSGGTCSVSDCTAAGNQTATADCVLKPNAGYDHCLSKLKSDLIVGTALSSMIGSLAMGLLANLPLGLAPGMGANAYVAYNLVGFHGSGPMSYQTAMAVVLVEGAAFLAIAVLGLRAKLARLIPTSVRLASAAGIGLFIAFVGLQAHQGVGLVGPDASTLVALAACRDTSPTGGGCNGGVMQSPTFWLGFVGFVIMCYGLM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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