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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004604`

染色体: Chr02 坐标: 68546587-68551297 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004604`
名称	SmilChr02G004604
描述	zinc finger protein VAR3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68546587 - 68551297 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008595`
GeneID	`131008595`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008595`
原始查询	`LOC131008595`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein VAR3, chloroplastic
产物	zinc finger protein VAR3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G48570` (AT1G48570) zinc finger (Ran-binding) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841278] identity=43; qcov=1.21; evalue=4.99e-113; confidence=medium
Rice	`Os03g0708900` - identity=49.1; qcov=0.888; evalue=6.51e-107; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00641 (Zn_ribbon_RanBP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057791510.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057791510.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791510.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791510.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791510.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68547921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B28,C61,C85
`Chr2:68547936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:68548043`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A13,B123,B7,C16,C50,C54
`Chr2:68550240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B26
`Chr2:68550252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr2:68550326`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	93	A10,A11,A13,A18,A2,A20,A23,A24,A25,A3,A4,A8,A9,B107,B112,B115,B118,B119,B120,B121,B123,B126,B128,B130,B135,B14,B15,B18,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B33,B40,B42,B43,B44,B46,B5,B50,B52,B53,B62,B63,B64,B66,B67,B7,B76,B78,B8,B82,B83,B84,B89,B9,B98,B99,C11,C12,C13,C15,C16,C19,C21,C29,C31,C32,C33,C35,C37,C4,C40,C44,C48,C50,C54,C58,C6,C60,C68,C69,C75,C77,C78,C8,C81,C83,C86,D4
`Chr2:68550346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr2:68550358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr2:68550414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B20,B25,C62,C78
`Chr2:68550415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B15,B32,C74
`Chr2:68550606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B114,B41,B55,C74
`Chr2:68550818`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791510.1

394 aa

197

394

Zn_ribbon_RanBP

PF00641 Zn_ribbon_RanBP 275-302 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 318-346 aa PF00641 Zn_ribbon_RanBP 351-375 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791510.1`	Pfam	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	Domain	275	302	4e-21	74.7	Zn-finger in Ran binding protein and others
`XP_057791510.1`	Pfam	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	Domain	318	346	4e-21	74.7	Zn-finger in Ran binding protein and others
`XP_057791510.1`	Pfam	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	Domain	351	375	4e-21	74.7	Zn-finger in Ran binding protein and others

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935527.1
ATGTCAGGGTTAAACCCTTATGAGCCCCTAAACAACAGTCTCTCTCTTCTTCTTCCACTAGTATGCAGTATCCCTTAAAGCTCCATCAAAACCTTAGTCTTAAACCCTAATAAAATCTCATGTTTCCAAACCATAAATTCTACTAGTAACAATAACAGAGAGAAGAAGAAGGAAAAAGAGATGGCAGTTTCAAGATTATTCATCCTTCTAGGCCACTCAATCCTCCACAATCCTCGCAGTTTTTCACAACCCCCACTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008595
ATGGCAGTTTCAAGATTATTCATCCTTCTAGGCCACTCAATCCTCCACAATCCTCGCAGTTTTTCACAACCCCCACTCCTCAAATTCAACATAGCATGCCTTCCTCATTCCCTCCGCCTCAAGCGCTGCATCTCCTCCGCTGTCACGCTTGATTCCGAGACTCCTGCTCTCTCCGCTGATGCCATTTCTGCTCACCCGTGGCCGGAATGGGTTAATTTCGTCGACCAATTGAAGGTCAAAGGCTACATTACTCAGAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791510.1
MAVSRLFILLGHSILHNPRSFSQPPLLKFNIACLPHSLRLKRCISSAVTLDSETPALSADAISAHPWPEWVNFVDQLKVKGYITQNAAAAENGGDTGAESAAVYRELKLVKDACMSFARDRFDIFKLLPTSDIQAIVEQGCPSVFRKPVNSAKRLRAHLQIDEGDVCSSCSLRSSCDRAYVLLTESESAARTVDVVRILLNFALDPLVVSGEVEDKPTGRELVESSARRLLSELVELSETPPDPDLPKPASVVHQKKKQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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