Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004608`

染色体: Chr02 坐标: 68580917-68585265 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004608`
名称	SmilChr02G004608
描述	surfeit locus protein 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68580917 - 68585265 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008598`
GeneID	`131008598`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008598`
原始查询	`LOC131008598`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	surfeit locus protein 1
产物	surfeit locus protein 1
Arabidopsis	`AT3G17910` (SURF1) Surfeit locus 1 cytochrome c oxidase biosis protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821310] identity=60.3; qcov=0.873; evalue=2.04e-126; confidence=high
Rice	`Os03g0200700` - identity=56; qcov=0.883; evalue=4.76e-113; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF02104 (SURF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057791513.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057791513.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057791513.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791513.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791513.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68581214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr2:68581843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:68583047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr2:68583176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,D7
`Chr2:68583346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B15,B32,C74
`Chr2:68583497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791513.1

332 aa

166

332

SURF1

PF02104 SURF1 59-315 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791513.1`	Pfam	`PF02104`	SURF1	Family	59	315	1.7e-43	150.0	SURF1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935530.1
TGATTTCATTTTAAAAAGTGAATTATTGAATTATGACAAGGAAGATCAAATGAGTAGGAATTTTGAGGGATATTGGAGGGGTAAATCACATTACTAAATAATTAGTGAATAACTCTCAAAATCGGCCATTACCCATTCCGCCGCACCGCCACTGCACCGCCGTCCACCGTCGCACGCTGACAGGTCATAGCGCCTCTTGAAAGGTTCTACAGTTAGGAGCACGCTCTGGAGTAGCAAAAAACCCTCGAAAGGTGTTAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008598
ATGTCAGCGGCTTCCATCTGTAGGAATCTTCGGCAGCGCGTAGCTCACGCAATCCCGTCAAAGAGGCTCCCACACTCATCCCTAATCTCGACGTCTGCAGCTGCCTTCTCCACTCTTCCTCAAAAAGACCAAGAGGAAATTGGCAGGTCGACATGGTCAAAGCTGTTGCTTTTCATACCGGGAGCCATCACTTTTGGCCTTGGCACTTGGCAAATCTTCAGAAGACAAGACAAGATAAAGTTGCTTGATTACAGGCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791513.1
MSAASICRNLRQRVAHAIPSKRLPHSSLISTSAAAFSTLPQKDQEEIGRSTWSKLLLFIPGAITFGLGTWQIFRRQDKIKLLDYRQSRLAIEPLKGNEIVASTSSTDSLEFRKVQCKGVFDEKKSIYVGPRSRSISGVTENGYYVITPLIPVPGDPESVQSPILVNRGWVPRSWRDKALDSLEDEPPMSSTPTSTQESSTTSWRHLWSAKRKGLEEHVPSVIPVEVIGVIRGSEKPSNFVPSNDPNAAQWFYVDVPALAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器