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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004609

染色体: Chr02 坐标: 68585615-68590037 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004609
名称SmilChr02G004609
描述uncharacterized SmilChr02G004609
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68585615 - 68590037 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008606
GeneID131008606
locus_tag-
NCBI NameLOC131008606
原始查询LOC131008606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819775]; symbol=DAC; hit=AT3G17930; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819775]; symbol=DAC; hit=AT3G17930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G17930 (DAC)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819775]
identity=53.4; qcov=0.981; evalue=6.11e-67; confidence=high
RiceOs01g0805200
-
identity=72.7; qcov=0.571; evalue=4.96e-63; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF11460 (DUF3007)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057791522.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057791522.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057791522.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057791522.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791522.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68585993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,D6
Chr2:68589896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B127,B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791522.1
215 aa
N
1
108
215
DUF3007
C
PF11460 DUF3007 104-185 aa
XP_057791523.1
212 aa
N
1
106
212
DUF3007
C
PF11460 DUF3007 104-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791522.1 Pfam PF11460 DUF3007 Family 104 185 1.5e-27 96.3 Protein of unknown function (DUF3007)
XP_057791523.1 Pfam PF11460 DUF3007 Family 104 199 2.7e-34 118.0 Protein of unknown function (DUF3007)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935540.1
CTCGATTTTTCTCACAGTCTCACTGCTGATAGTTTTGTTTTGCGCCACTTACACAATATTCACTTCAACAAAGAAAACAATAGTAAAAACTCACTTCTCTTTTCTCCACAGATATTTGGCTGAGGAAGATAACAGCAATGGCTTCCACGCCATGTACAAATCTTTATAGCAACAACAACACACTTTGCACAAACAGGTCGATTTTTGTTGTTGGTTTATTAACATGTCCATTTCAGGAACCGAGAACAAGACCTGCTCAG...
XM_057935539.1
ATAGTTTTGTTTTGCGCCACTTACACAATATTCACTTCAACAAAGAAAACAATAGTAAAAACTCACTTCTCTTTTCTCCACAGATATTTGGCTGAGGAAGATAACAGCAATGGCTTCCACGCCATGTACAAATCTTTATAGCAACAACAACACACTTTGCACAAACAGGTCGATTTTTGTTGTTGGTTTATTAACATGTCCATTTCAGGAACCGAGAACAAGACCTGCTCAGCTTTTCTGCAAAGAAAGGATCTGTTCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008606
ATGGCTTCCACGCCATGTACAAATCTTTATAGCAACAACAACACACTTTGCACAAACAGGTCGATTTTTGTTGTTGGTTTATTAACATGTCCATTTCAGGAACCGAGAACAAGACCTGCTCAGCTTTTCTGCAAAGAAAGGATCTGTTCTCAAAACTTCTCACATGGACTTTCACCTTGCCTGAAGAGATCTTCTTTTTCCTCAATGTCGAAGAAATTAATTTCTACAATCCCCAGATGCAGTGGTTCTTCAAACTCAAG...
LOC131008606
ATGGCTTCCACGCCATGTACAAATCTTTATAGCAACAACAACACACTTTGCACAAACAGGTCGATTTTTGTTGTTGGTTTATTAACATGTCCATTTCAGGAACCGAGAACAAGACCTGCTCAGCTTTTCTGCAAAGAAAGGATCTGTTCTCAAAACTTCTCACATGGACTTTCACCTTGCCTGAAGAGATCTTCTTTTTCCTCAATGTCGAAGAAATTAATTTCTACAATCCCCAGATGCAGTGGTTCTTCAAACTCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791522.1
MASTPCTNLYSNNNTLCTNRSIFVVGLLTCPFQEPRTRPAQLFCKERICSQNFSHGLSPCLKRSSFSSMSKKLISTIPRCSGSSNSSGDKDETSNSEKTPFGYSRKDVILIGVGLTAAGIGLKSGLEYIGVDPLQAGNVVQLVLVLGLTIGWISTYIFRVSNKEMTYAQQLRDYEDKVMQVKLYQHTKFFLFLVSHQFSFFMTMKTKSCRKDWRL
XP_057791523.1
MASTPCTNLYSNNNTLCTNRSIFVVGLLTCPFQEPRTRPAQLFCKERICSQNFSHGLSPCLKRSSFSSMSKKLISTIPRCSGSSNSSGDKDETSNSEKTPFGYSRKDVILIGVGLTAAGIGLKSGLEYIGVDPLQAGNVVQLVLVLGLTIGWISTYIFRVSNKEMTYAQQLRDYEDKVMQKRLETLTEAEIEALLEQVEEEKQRLAGGEQVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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