当前解析结果
SmilChr02G004590| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004590 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004590 |
| 描述 | nudix hydrolase 17, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 68398171 - 68399907 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008609 |
|---|---|
| GeneID | 131008609 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008609 |
| 原始查询 | LOC131008609 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nudix hydrolase 17, mitochondrial-like |
| 产物 | nudix hydrolase 17%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT2G01670 (NUDT17)nudix hydrolase homolog 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814696] identity=53.3; qcov=0.988; evalue=2.34e-61; confidence=high |
| Rice | Os02g0734300- identity=48.7; qcov=0.934; evalue=1.88e-46; confidence=medium |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016462 (pyrophosphatase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00293 (NUDIX) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008609 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057791530.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057791530.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057791530.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791530.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791530.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:68398543 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 15 | B100,B112,B114,B115,B121,B17,B38,B49,B62,B85,C11,C46,C52,C69,C80 |
Chr2:68399012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D3 |
Chr2:68399012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:68399137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791530.1PF00293
NUDIX 52-158 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791530.1 |
Pfam | PF00293 |
NUDIX | Domain | 52 | 158 | 2.3e-11 | 44.5 | NUDIX domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。