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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004641`

染色体: Chr02 坐标: 68860680-68866969 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004641`
名称	SmilChr02G004641
描述	lysine--tRNA ligase, cytoplasmic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68860680 - 68866969 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008634`
GeneID	`131008634`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008634`
原始查询	`LOC131008634`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine--tRNA ligase, cytoplasmic
产物	lysine--tRNA ligase%2C cytoplasmic
Arabidopsis	`AT3G11710` (ATKRS-1) lysyl-tRNA synthetase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820343] identity=77.4; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0586800` - identity=79; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0004824 (lysine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0006430 (lysyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00152 (tRNA-synt_2); PF01336 (tRNA_anti-codon)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791558.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791558.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057791558.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791558.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791558.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68862250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,A7,C3
`Chr2:68862469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,C39,C47
`Chr2:68862663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,C45,C64,C66,C83
`Chr2:68862693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B123,B98,B99,C8
`Chr2:68863960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr2:68864483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,A7,C3
`Chr2:68864802`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr2:68865021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:68865097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,D6
`Chr2:68865662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C17
`Chr2:68866193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:68866370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,C45,C64,C66,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791558.1

583 aa

292

583

tRNA_anti-codon

tRNA-synt_2

PF01336 tRNA_anti-codon 81-160 aa PF00152 tRNA-synt_2 203-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791558.1`	Pfam	`PF01336`	tRNA_anti-codon	Domain	81	160	4.9e-11	43.1	OB-fold nucleic acid binding domain
`XP_057791558.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	203	552	5.1e-96	322.1	tRNA synthetases class II (D, K and N)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935575.1
GGCCCAACAACATGCAACAGAAATATATGGTTTTAGGGTTAGAAATCCATTCCCTCAAAGAAATAAAAATAAACTTAGTATAAGAAGCGCCGTCATTTCTACAACCCGCTCAAAATCTTCTCTCTTTCTATCTTTTCCAAAGATCAGACGATTTCTGGAATTCTTACTCTAACTTCGATTCAATAGACAGATTGTGCTACCGTCGGATTTTTCTTTGAGCTTCGTCTATCAATTTTCTATATTTTCGGTTTCGGTTACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008634
ATGGCGGAGAAGGCACCTGCCAAGCCAAAGGGCCATGCGAAAAAATCTGCTGCTGCCGCAGAAGATGAAGGCATGGATCCAACGCAATATTTTGAAAATAGGCTAAGAGCTCTTGCTGCTCAAAAAGAAGCTGGTAGCAACCCATATCCTCACAAGTTTGACGCTCAGTTGTCCATTCCTGAATATGTAAAGAAATATGAAAGTCTAAACAGTGGGGATCATCTAGAGGACGTTGAAGAAAGAATAGCTGGTCGGATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791558.1
MAEKAPAKPKGHAKKSAAAAEDEGMDPTQYFENRLRALAAQKEAGSNPYPHKFDAQLSIPEYVKKYESLNSGDHLEDVEERIAGRIMNKRSSSSKLFFYDLHGGGAKVQVMTDARKSELKEEEFSIFHSSVKRGDIVGIIGFPGKSKRGELSIFPKTFIVLSHCLHMMPRQKVGPGGGTENTKTTDVWIPGSGRNPDAYILKDQETRYRQRYLDLMLNMEVREIFRTRSKIISYIRRYLDERDFLEVETPMMNMIAGGAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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