Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004664

染色体: Chr02 坐标: 69028793-69031788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004664
名称SmilChr02G004664
描述UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69028793 - 69031788 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008656
GeneID131008656
locus_tag-
NCBI NameLOC131008656
原始查询LOC131008656

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 1-like
产物UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 1-like
ArabidopsisAT3G18660 (PGSIP1)
plant glycogenin-like starch initiation protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821397]
identity=66.1; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0880200 (P0018C10.44-1)
-
identity=60.8; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity); GO:0045492 (xylan biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF01501 (Glyco_transf_8); PF28720 (GUX1-5_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057791597.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057791597.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791597.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791597.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791597.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69029440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C49
Chr2:69029452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B13,B22,B99,C46
Chr2:69029757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69031381 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 70 A1,A14,A16,A18,A25,B1,B100,B101,B109,B113,B12,B121,B125,B13,B130,B136,B137,B15,B17,B20,B21,B23,B29,B3,B34,B37,B41,B42,B44,B51,B54,B56,B57,B58,B59,B66,B78,B80,B86,B87,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B99,C1,C15,C17,C23,C28,C38,C39,C4,C44,C46,C50,C57,C62,C70,C71,C72,C79,C8,C83,C84,C87,D6,D9
Chr2:69031385 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 62 A1,A14,A16,A18,A25,B1,B100,B101,B109,B113,B12,B121,B125,B13,B130,B136,B137,B15,B17,B20,B21,B23,B29,B3,B34,B37,B41,B42,B44,B51,B54,B57,B58,B66,B80,B86,B87,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B99,C15,C17,C23,C4,C44,C46,C50,C62,C70,C71,C72,C79,C8,C83,C84,C87,D6,D9
Chr2:69031400 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C87
Chr2:69031400 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 1 C87
Chr2:69031454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr2:69031703 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791597.1
629 aa
N
1
314
629
GUX1-5_N
Glyco_transf_8
C
PF28720 GUX1-5_N 92-277 aa PF01501 Glyco_transf_8 303-406 aa
XP_057791598.1
629 aa
N
1
314
629
GUX1-5_N
Glyco_transf_8
C
PF28720 GUX1-5_N 92-277 aa PF01501 Glyco_transf_8 303-406 aa
XP_057791599.1
629 aa
N
1
314
629
GUX1-5_N
Glyco_transf_8
C
PF28720 GUX1-5_N 92-277 aa PF01501 Glyco_transf_8 303-406 aa
XP_057791600.1
623 aa
N
1
312
623
GUX1-5_N
Glyco_transf_8
C
PF28720 GUX1-5_N 86-271 aa PF01501 Glyco_transf_8 297-400 aa
XP_057791601.1
623 aa
N
1
312
623
GUX1-5_N
Glyco_transf_8
C
PF28720 GUX1-5_N 86-271 aa PF01501 Glyco_transf_8 297-400 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791597.1 Pfam PF28720 GUX1-5_N Domain 92 277 3.3e-79 265.5 GUX1-5 N-terminal domain
XP_057791597.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 303 406 1.4e-13 51.8 Glycosyl transferase family 8
XP_057791598.1 Pfam PF28720 GUX1-5_N Domain 92 277 3.3e-79 265.5 GUX1-5 N-terminal domain
XP_057791598.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 303 406 1.4e-13 51.8 Glycosyl transferase family 8
XP_057791599.1 Pfam PF28720 GUX1-5_N Domain 92 277 3.3e-79 265.5 GUX1-5 N-terminal domain
XP_057791599.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 303 406 1.4e-13 51.8 Glycosyl transferase family 8
XP_057791600.1 Pfam PF28720 GUX1-5_N Domain 86 271 3.3e-79 265.5 GUX1-5 N-terminal domain
XP_057791600.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 297 400 1.3e-13 51.8 Glycosyl transferase family 8
XP_057791601.1 Pfam PF28720 GUX1-5_N Domain 86 271 3.3e-79 265.5 GUX1-5 N-terminal domain
XP_057791601.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 297 400 1.3e-13 51.8 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935614.1
GACGTTACTCATTTATATTGCACCCTCATTCTCATGATCTACTCTCTGCCTCTTCTACTCCTTTTCCACCATCGCCAGCTAAAATATTTCAAGTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAAGATTATCGATACGAATGATCAGAAATTTCTGAAGCCTCATGGACTCCAGACAACAACGCCTAGACGACGCGTACAAGAGGAAGCTGCAGAGGATCAAAGTGAAGAGTGTCGCGAATCCTCTCAAATTCGCGATTCCCGGG...
XM_057935617.1
GACGTTACTCATTTATATTGCACCCTCATTCTCATGATCTACTCTCTGCCTCTTCTACTCCTTTTCCACCATCGCCAGCTAAAATATTTCAAGTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAAGATTATCGATACGAATGATCAGAAATTTCTGAAGCCTCATGGACTCCAGACAACAACGCCTAGACGACGCGTACAAGAGGAAGCTGCAGAGGATCAAAGTGAAGAGTGTCGCGAATCCTCTCAAATTCGCGATTCCCGGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131008656
ATGGACTCCAGACAACAACGCCTAGACGACGCGTACAAGAGGAAGCTGCAGAGGATCAAAGTGAAGAGTGTCGCGAATCCTCTCAAATTCGCGATTCCCGGGAAGAACGGCAGATGCAGACCTCATCCATTGAAATTAGTTCTGGCTATCATCGTGCTAGGCTCTTTCTTTCTCATCCTTTCGTCTCCGCCAGTGTGCCAACAAAACGGCCTACAACTCAAAGTTTCCCGGCAACGTTTTGTGAGCAGGTGGATATGGGG...
LOC131008656
ATGGACTCCAGACAACAACGCCTAGACGACGCGTACAAGAGGAAGCTGCAGAGGATCAAAGTGAAGAGTGTCGCGAATCCTCTCAAATTCGCGATTCCCGGGAAGAACGGCAGATGCAGACCTCATCCATTGAAATTAGTTCTGGCTATCATCGTGCTAGGCTCTTTCTTTCTCATCCTTTCGTCTCCGCCAGTGTGCCAACAAAACGGCCTACAACTCAAAGTTTCCCGGCAACGTTTTGTGAGCAGGTGGATATGGGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057791597.1
MDSRQQRLDDAYKRKLQRIKVKSVANPLKFAIPGKNGRCRPHPLKLVLAIIVLGSFFLILSSPPVCQQNGLQLKVSRQRFVSRWIWGASDPRYIADFEIDWNEIAGAVGELPKGTKIGGIGLVNFNEREARQWQQMVPTANHTVLNLDRAERNVTWDVLFPEWIDEEQDEAIPSCPALPRLQVPAQRLDLVAVKLPCRSEGNWSRDVARLHLQIAAAGLAAACKGSYPVHLLFVTRCFPIPNLFTCKDLVARRGNAWLYR...
XP_057791598.1
MDSRQQRLDDAYKRKLQRIKVKSVANPLKFAIPGKNGRCRPHPLKLVLAIIVLGSFFLILSSPPVCQQNGLQLKVSRQRFVSRWIWGASDPRYIADFEIDWNEIAGAVGELPKGTKIGGIGLVNFNEREARQWQQMVPTANHTVLNLDRAERNVTWDVLFPEWIDEEQDEAIPSCPALPRLQVPAQRLDLVAVKLPCRSEGNWSRDVARLHLQIAAAGLAAACKGSYPVHLLFVTRCFPIPNLFTCKDLVARRGNAWLYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器