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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004671

染色体: Chr02 坐标: 69065789-69070396 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004671
名称SmilChr02G004671
描述endo-1,4-beta-xylanase 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69065789 - 69070396 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008661
GeneID131008661
locus_tag-
NCBI NameLOC131008661
原始查询LOC131008661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endo-1,4-beta-xylanase 1-like
产物endo-1%2C4-beta-xylanase 1-like
ArabidopsisAT1G58370 (RXF12)
glycosyl hydrolase family 10 protein / carbohydrate-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842206]
identity=62.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0456700
-
identity=54.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00331 (Glyco_hydro_10); PF02018 (CBM_4_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057791604.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791604.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057791604.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791604.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791604.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69065994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:69066098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:69066121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69066330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:69066348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69066745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:69066754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:69066791 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B110
Chr2:69066791 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B110
Chr2:69066808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,D6
Chr2:69066959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C73
Chr2:69066985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791604.1
966 aa
N
1
483
966
CBM_4_9
CBM_4_9
CBM_4_9
Glyco_hydro_10
C
PF02018 CBM_4_9 79-218 aa PF02018 CBM_4_9 248-386 aa PF02018 CBM_4_9 420-561 aa PF00331 Glyco_hydro_10 621-877 aa
XP_057791605.1
965 aa
N
1
482
965
CBM_4_9
CBM_4_9
CBM_4_9
Glyco_hydro_10
C
PF02018 CBM_4_9 78-217 aa PF02018 CBM_4_9 247-385 aa PF02018 CBM_4_9 419-560 aa PF00331 Glyco_hydro_10 620-876 aa
XP_057791606.1
944 aa
N
1
472
944
CBM_4_9
CBM_4_9
CBM_4_9
Glyco_hydro_10
C
PF02018 CBM_4_9 57-196 aa PF02018 CBM_4_9 226-364 aa PF02018 CBM_4_9 398-539 aa PF00331 Glyco_hydro_10 599-855 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791604.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 79 218 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791604.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 248 386 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791604.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 420 561 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791604.1 Pfam PF00331 Glyco_hydro_10 Domain 621 877 1.4e-48 166.5 Glycosyl hydrolase family 10
XP_057791605.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 78 217 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791605.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 247 385 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791605.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 419 560 2.6e-63 213.1 Carbohydrate binding domain
XP_057791605.1 Pfam PF00331 Glyco_hydro_10 Domain 620 876 1.4e-48 166.5 Glycosyl hydrolase family 10
XP_057791606.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 57 196 2.3e-63 213.3 Carbohydrate binding domain
XP_057791606.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 226 364 2.3e-63 213.3 Carbohydrate binding domain
XP_057791606.1 Pfam PF02018 CBM_4_9 Domain 398 539 2.3e-63 213.3 Carbohydrate binding domain
XP_057791606.1 Pfam PF00331 Glyco_hydro_10 Domain 599 855 1.3e-48 166.5 Glycosyl hydrolase family 10

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935622.1
CAACCTATTTAATTATAGCGAAGTAGACTAGTCCCGCTCCCCGCCTCTTCCAATTCAAGCATCCCCATATTCCTCAGTCTGTAAGCCAAAGAAATCTCCCAATTTGATGAAATACATATGCATCATCCAACGCCATTGCTAATTATGTTGCTGGGATTACAAACGCAGGAACGCAACTCTTAATTATAATTATTTGTCGGTTGGTTGAAAATGGTCCCGCCCTTTTCTTACACTTCTCTTGGAAATCACCTATATAATGC...
XM_057935623.1
CCGCTCCCCGCCTCTTCCAATTCAAGCATCCCCATATTCCTCAGTCTGTAAGCCAAAGAAATCTCCCAATTTGATGAAATACATATGCATCATCCAACGCCATTGCTAATTATGTTGCTGGGATTACAAACGCAGGAACGCAACTCTTAATTATAATTATTTGTCGGTTGGTTGAAAATGGTCCCGCCCTTTTCTTACACTTCTCTTGGAAATCACCTATATAATGCCTCCATTCTTGAATTGCTGCTTCAAAAATCACA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008661
ATGCCTCCATTCTTGAATTGCTGCTTCAAAAATCACAACGTCAAGCAAACCCCTCGATTGCAGCAGGAATCAAAAGAGAATATTATGGAGAAGCCGCATGCAAGCAACGCCGATGGAGTGATTCTTCAAACCGAGAAGTTAAATCATGAATTGGGTGCCGAACCTGCTTCCAATATCATAATTAACCATGATTTTTCTGGAGGACTTCATCTCTGGCACCCCAACTGCTGTGTTGCCTATGTCACTTCAGGAGAAACTTC...
LOC131008661
ATGCCTCCATTCTTGAATTGCTGCTTCAAAAATCACAACGTCAAGCAAACCCCTCGATTGCAGCAGGAATCAAAAGAGAATATTATGGAGAAGCCGCATGCAAGCAACGCCGATGGAGTGATTCTTCAAACCGAGGGATCAAGAGATACTATGAAGATTCCGTCTGCGAGCAATGCTGATAAGGAAATGAAGTCTGAGAAGTTAAATCATGAATTGGGTGCCGAACCTGCTTCCAATATCATAATTAACCATGATTTTTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791604.1
MPPFLNCCFKNHNVKQTPRLQQESKENIMEKPHASNADGVILQTEGSRDTMKIPSASNADKEMKSEQKLNHELGAEPASNIIINHDFSGGLHLWHPNCCVAYVTSGETSVDPQGESPKLSGRFAVVANRKECWQGLEQDITNRVSAGSTYTICAWVAVSSLQGATDVLATLKLESQDSAVSYKFIAKASASTEHWEKLEGTFSLSTLPRRVILYLEGPSPCIDLLIRSVEVSCNSSSQSDSQGTDGDGNIIQNSTFDNGL...
XP_057791605.1
MPPFLNCCFKNHNVKQTPRLQQESKENIMEKPHASNADGVILQTEGSRDTMKIPSASNADKEMKSEKLNHELGAEPASNIIINHDFSGGLHLWHPNCCVAYVTSGETSVDPQGESPKLSGRFAVVANRKECWQGLEQDITNRVSAGSTYTICAWVAVSSLQGATDVLATLKLESQDSAVSYKFIAKASASTEHWEKLEGTFSLSTLPRRVILYLEGPSPCIDLLIRSVEVSCNSSSQSDSQGTDGDGNIIQNSTFDNGLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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