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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004739

染色体: Chr02 坐标: 69592689-69597641 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004739
名称SmilChr02G004739
描述uncharacterized SmilChr02G004739
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69592689 - 69597641 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008670
GeneID131008670
locus_tag-
NCBI NameLOC131008670
原始查询LOC131008670

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPI transamidase component family protein / Gaa1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832033]; symbol=AT5G19130; hit=AT5G19130; species=arabidopsis; confidence=high
产物GPI transamidase component family protein / Gaa1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832033]; symbol=AT5G19130; hit=AT5G19130; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G19130 (AT5G19130)
GPI transamidase component family protein / Gaa1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832033]
identity=55; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0682200
-
identity=42.6; qcov=0.423; evalue=1.43e-60; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016255 (attachment of GPI anchor to protein); GO:0042765 (GPI-anchor transamidase complex)
KEGGsmil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04114 (Gaa1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057791620.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057791620.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057791623.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791620.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69593110 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B58
Chr2:69593110 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B58
Chr2:69593298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C63,D2
Chr2:69593823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C37,C74,C81
Chr2:69593828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,D9
Chr2:69595035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:69595041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B46
Chr2:69595054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:69595182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,B79,B91,C4,C75
Chr2:69595472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr2:69595481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr2:69595647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791620.1
708 aa
N
1
354
708
Gaa1
C
PF04114 Gaa1 147-700 aa
XP_057791621.1
708 aa
N
1
354
708
Gaa1
C
PF04114 Gaa1 147-700 aa
XP_057791622.1
643 aa
N
1
322
643
Gaa1
C
PF04114 Gaa1 82-635 aa
XP_057791623.1
610 aa
N
1
305
610
Gaa1
C
PF04114 Gaa1 49-602 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791620.1 Pfam PF04114 Gaa1 Family 147 700 6.6e-101 339.6 Gaa1-like, GPI transamidase component
XP_057791621.1 Pfam PF04114 Gaa1 Family 147 700 6.6e-101 339.6 Gaa1-like, GPI transamidase component
XP_057791622.1 Pfam PF04114 Gaa1 Family 82 635 5.4e-101 339.9 Gaa1-like, GPI transamidase component
XP_057791623.1 Pfam PF04114 Gaa1 Family 49 602 4.4e-101 340.1 Gaa1-like, GPI transamidase component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935637.1
GCCCACAAAATAAAATCTCTCTCGTCTCGCTCTTCTATTCTCTTTCCTCACATTCTCACCTCCACTCTTAAATCCGGTTAAGGCTCGCCTTTCAACACCCACTACGGCCGCCGTTTCTCTGAATTCTTGCCGGAATTCCAGCATCCGACACAACGTCATCGCCGCCCCTATTTCTCAACCCTCGAATAGCAGCAACCCCCAACTCGACCAACTCAATTCGATTTGAATTCCCAACAGGAAACCAAATCATATTTTCTTCT...
XM_057935639.1
GCCCACAAAATAAAATCTCTCTCGTCTCGCTCTTCTATTCTCTTTCCTCACATTCTCACCTCCACTCTTAAATCCGGTTAAGGCTCGCCTTTCAACACCCACTACGGCCGCCGTTTCTCTGAATTCTTGCCGGAATTCCAGCATCCGACACAACGTCATCGCCGCCCCTATTTCTCAACCCTCGAATAGCAGCAACCCCCAACTCGACCAACTCAATTCGATTTGAATTCCCAACAGGAAACCAAATCATATTTTCTTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131008670
ATGGCGGAAGCTGCAGCTGTCGTCAAACCGAAGCCGCGGCCAATTATTCGCATCGGCCTTTTTCTTATTTCTCGCAGTCTCTTAGTCAGTATTGTATGTTGCATAGCTGGGGTTTTAGCGCTCCTGCTTTTGCCTGTTCTCGCCAAGAACACTTATATCTCCGAGAATGCGTTAATGCCTGGTTCTGCAAGCCCTATGCTCTCTAGTGACGATGCTTCAGATGGGCATAGGTTTCTAAACAAGATAATGAGTATGAGTTC...
LOC131008670
ATGGCGGAAGCTGCAGCTGTCGTCAAACCGAAGCCGCGGCCAATTATTCGCATCGGCCTTTTTCTTATTTCTCGCAGTCTCTTAGTCAGTATTGTATGTTGCATAGCTGGGGTTTTAGCGCTCCTGCTTTTGCCTGTTCTCGCCAAGAACACTTATATCTCCGAGAATGCGTTAATGCCTGGTTCTGCAAGCCCTATGCTCTCTAGTGACGATGCTTCAGATGGGCATAGGTTTCTAAACAAGATAATGAGTATGAGTTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057791620.1
MAEAAAVVKPKPRPIIRIGLFLISRSLLVSIVCCIAGVLALLLLPVLAKNTYISENALMPGSASPMLSSDDASDGHRFLNKIMSMSSMSINTGIEIPEMIAEHIIELGGEVNYQKFQPVSDNLHPLQFFLGPDAGIVRENYSCTSYGINTVGIVRAPRGDGKESIVIVTPYNSVKTTMSEALSLGVAYSVISLLSRVSWLAKDIIWLAADSRHGEHAAVAAWLRDYYTLSSGDLKQNLDMCGASSFPSHELTSVRKNGVS...
XP_057791621.1
MAEAAAVVKPKPRPIIRIGLFLISRSLLVSIVCCIAGVLALLLLPVLAKNTYISENALMPGSASPMLSSDDASDGHRFLNKIMSMSSMSINTGIEIPEMIAEHIIELGGEVNYQKFQPVSDNLHPLQFFLGPDAGIVRENYSCTSYGINTVGIVRAPRGDGKESIVIVTPYNSVKTTMSEALSLGVAYSVISLLSRVSWLAKDIIWLAADSRHGEHAAVAAWLRDYYTLSSGDLKQNLDMCGASSFPSHELTSVRKNGVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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