Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004711`

染色体: Chr02 坐标: 69365952-69370196 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004711`
名称	SmilChr02G004711
描述	uncharacterized membrane protein At3g27390
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69365952 - 69370196 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008683`
GeneID	`131008683`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008683`
原始查询	`LOC131008683`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834063]; symbol=AT5G40640; hit=AT5G40640; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834063]; symbol=AT5G40640; hit=AT5G40640; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G40640` (AT5G40640) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834063] identity=59.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0483200` - identity=53.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28741 (At3g27390_C); PF28744 (At3g27390_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057791652.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791652.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791652.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791652.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791652.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69366102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,C72
`Chr2:69366253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B64,B94,B98,C30,C67
`Chr2:69366287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:69366471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B87
`Chr2:69366636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:69366786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B78,C3
`Chr2:69367232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:69367390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:69367609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr2:69367649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C18,C85,D10
`Chr2:69367781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr2:69367820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791652.1

592 aa

296

592

At3g27390_N

At3g27390_C

PF28744 At3g27390_N 19-273 aa PF28741 At3g27390_C 354-536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791652.1`	Pfam	`PF28744`	At3g27390_N	Domain	19	273	3.3e-115	384.7	At3g27390, N-terminal domain
`XP_057791652.1`	Pfam	`PF28741`	At3g27390_C	Domain	354	536	4.5e-58	196.3	At3g27390, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935669.1
ACAAAATTCACGATATCATTTAAAAATGCAGAAAACGCCGAAGCCTGTACAGCAGTAGAGATTCCAAAATCGTAAATTTAAGTCACCAAAATCTCAAATTTGCATGTATTTGTATTTAAAAAAAAAAGTGAGAATTAAAGTAAATAAATAAAAAAGGAGGTAATTTGAAACAGTGGAAAAGGCTTTTCCAAAAGAATCAACTGTCCTTTCTCAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAATCAACTGTATTCTTTGCTTCTAAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008683
ATGGAACCCCCAACGGGGTTGTGGGCTTCTTTGTGGAATTTCATACGTTTCTTGCCTTTCTTCATTGGCCTTCTCATTCTCGGAGTTCTCAAAGGTATTACTATGTTCCCAGTGATATTTCTCATTATCACATTTGGAATCTCTGTGATAATACTCGGTCTTTTGCCTATTCACTGCTTTTATACCTACTACTGCGTTTTGAGCACAAAACAATTTGGTCCCGGTTTGAAGCTTGTGCTCTGCATTTGCATTCCTATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791652.1
MEPPTGLWASLWNFIRFLPFFIGLLILGVLKGITMFPVIFLIITFGISVIILGLLPIHCFYTYYCVLSTKQFGPGLKLVLCICIPIFVIAWPPVGIACAVFGGAAYGLLAPMFATFQAIEEGKTDKFYHCICDGIWSTLKGSFTIIRDFLDVCFHSYFSIMDELRHQEPAEGKYYEIRLLYVPLALIAGVLGAVVDFPVISVIALCKSPYMLFKGWHRLFHDCIGREGPFLETICVPFAGLAILLWPLAVVGAVLGSMVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器