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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004778

染色体: Chr02 坐标: 69950512-69956552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004778
名称SmilChr02G004778
描述transcription factor BIM1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69950512 - 69956552 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008686
GeneID131008686
locus_tag-
NCBI NameLOC131008686
原始查询LOC131008686

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor BIM1
产物transcription factor BIM1
ArabidopsisAT5G08130 (BIM1)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830708]
identity=44.6; qcov=1.06; evalue=3.06e-103; confidence=medium
RiceOs09g0475400 (OsbHLH032)
-
identity=40.4; qcov=0.498; evalue=1.47e-53; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791657.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791657.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791657.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791657.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791657.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69953321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54
Chr2:69953356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr2:69954284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:69955141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C16,C53
Chr2:69955674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54
Chr2:69956032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C73
Chr2:69956212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B80,C83
Chr2:69956222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:69956231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B103,B127,B54,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791657.1
553 aa
N
1
276
553
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791658.1
553 aa
N
1
276
553
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791659.1
553 aa
N
1
276
553
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791660.1
553 aa
N
1
276
553
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791661.1
552 aa
N
1
276
552
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791662.1
552 aa
N
1
276
552
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791663.1
552 aa
N
1
276
552
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
XP_057791664.1
552 aa
N
1
276
552
HLH
C
PF00010 HLH 259-308 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791657.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791658.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791659.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791660.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791661.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791662.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791663.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057791664.1 Pfam PF00010 HLH Domain 259 308 3.8e-16 59.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935677.1
GTACATTAGACTGAGCTGCCAAACGCCGTTTACACCGCCGCAACGTCGTTAACTCACCGCCGCAACGTCGTTAACTCAACGCCGTTTCCCCCTCTCGCCCAATAAACCAGCCAACGACGCTTATTCGGAAATACGAAAACGAAAACGAAGAACTCAAAAGGCCCCCCTTCTCCCCCACCCCCACCCCACCTCACCTCCATTTTCTGCTACATACACACAGGGAATTGTGTTTGATTCGAGCTTGGGCCTACCATCGATCC...
XM_057935681.1
ATTAGACTGAGCTGCCAAACGCCGTTTACACCGCCGCAACGTCGTTAACTCACCGCCGCAACGTCGTTAACTCAACGCCGTTTCCCCCTCTCGCCCAATAAACCAGCCAACGACGCTTATTCGGAAATACGAAAACGAAAACGAAGAACTCAAAAGGCCCCCCTTCTCCCCCACCCCCACCCCACCTCACCTCCATTTTCTGCTACATACACACAGGGAATTGTGTTTGATTCGAGCTTGGGCCTACCATCGATCCCGTG...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131008686
ATGGAATTGCCTGTTGGAACTGAAGGAAGAAAGGCGACTCATGATTTTCTCTCACTATATTCGTCATCAGCTGCACATAACCAACAAGATCCGTCTCCCTCGCAAGGTGGCTACCTTAAAACGCATGACTTCTTGCAACCATTGGAACGGGTGGGGAAGCATGTAACAACGACGAAAGAAGATATTAAAGCTGGGGTGGCTGCTGTTGATAGGCCTCCAGCGCCAGCTCCTCCAGCCTCAGTGGAGCATCTTCTTCCTGG...
LOC131008686
ATGGAATTGCCTGTTGGAACTGAAGGAAGAAAGGCGACTCATGATTTTCTCTCACTATATTCGTCATCAGCTGCACATAACCAACAAGATCCGTCTCCCTCGCAAGGTGGCTACCTTAAAACGCATGACTTCTTGCAACCATTGGAACGGGTGGGGAAGCATGTAACAACGACGAAAGAAGATATTAAAGCTGGGGTGGCTGCTGTTGATAGGCCTCCAGCGCCAGCTCCTCCAGCCTCAGTGGAGCATCTTCTTCCTGG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057791657.1
MELPVGTEGRKATHDFLSLYSSSAAHNQQDPSPSQGGYLKTHDFLQPLERVGKHVTTTKEDIKAGVAAVDRPPAPAPPASVEHLLPGGIGTYSISYFNQLVLKPEGSLFTAQPTRNDENSNCSSYSGGSFTLWDESAVKKGKTGKENIATERHILQEAGVNVVGGQWAPFLEKPSQSSSNHKHNTTNFSTFSSSQPSSSQKNQSFMDVMTSAKNDQEDDDDDEEEEEFTIKKEPSPHSKGNLSVKVEAKTIDQKPNTPRS...
XP_057791658.1
MELPVGTEGRKATHDFLSLYSSSAAHNQQDPSPSQGGYLKTHDFLQPLERVGKHVTTTKEDIKAGVAAVDRPPAPAPPASVEHLLPGGIGTYSISYFNQLVLKPEGSLFTAQPTRNDENSNCSSYSGGSFTLWDESAVKKGKTGKENIATERHILQEAGVNVVGGQWAPFLEKPSQSSSNHKHNTTNFSTFSSSQPSSSQKNQSFMDVMTSAKNDQEDDDDDEEEEEFTIKKEPSPHSKGNLSVKVEAKTIDQKPNTPRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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