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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004759

染色体: Chr02 坐标: 69780120-69781536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004759
名称SmilChr02G004759
描述uncharacterized SmilChr02G004759
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69780120 - 69781536 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008738
GeneID131008738
locus_tag-
NCBI NameLOC131008738
原始查询LOC131008738

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT3G27880; symbol=AT3G27880; hit=AT3G27880; species=arabidopsis; confidence=medium
产物AT3G27880; symbol=AT3G27880; hit=AT3G27880; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G27880 (AT3G27880)
-
identity=35.9; qcov=1.03; evalue=8.91e-33; confidence=medium
RiceOs05g0568600
-
identity=34.4; qcov=0.777; evalue=6.53e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF07816 (DUF1645)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791752.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791752.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057791752.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791752.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69780656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C36,D7
Chr2:69780675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B111,B44,B45,C69
Chr2:69780695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:69780768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:69780812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr2:69780920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:69780928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791752.1
251 aa
N
1
126
251
DUF1645
C
PF07816 DUF1645 100-229 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791752.1 Pfam PF07816 DUF1645 Family 100 229 8.1e-25 89.3 Protein of unknown function (DUF1645)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935769.1
TTAATTGACCATATATCTTTTCTAGAACAAGAAATATAGTCCACGATGAATTTACATAAAACACATTATTTAATTTCTTTTGGCAAAGGAAAGGTATAATCAAAGTGGAGTGGCGTGAACAAGAGGCTTCTTTTCTGGAAGCATACGTGTGGGATGATCACATCACATCACTCGTGCGAGTCAAGAAAGCTATAACTCACTCACTGCATATAAGTACCACGCTCCTTCAACTCAATATCTCAGCCTTTTCCGCTTATGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008738
ATGTTTGCATATGTGATATGCCCTAGCTTCAACAGCTATTCATCAGATCGATTAGCGGAGATCGCAATCAGAGTCGCCGGCGACAACCCGCGCGACGCCGCTGGAATCGATGATACCGGCGGCGACGACGATTTTGAGTTCGCGTTGCTGCTACGCGAAGATAAGGAGGTCTCGGCCTCGGAATTCCTCTACGACGGCCCGGTTTTCCCCGTATTTAACCGCGATTTGATTGAAAGCGGCTCGGAATCGAACAATCTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791752.1
MFAYVICPSFNSYSSDRLAEIAIRVAGDNPRDAAGIDDTGGDDDFEFALLLREDKEVSASEFLYDGPVFPVFNRDLIESGSESNNLIPLSKLFAEEDDEERDCPPSCSSSEADELENVPAGTYCVWRPRTVPPPLPSQCEKSKSTGSASRRWKIRDLLRRSKSDGKESFVFLTPKHREENLEKLTIRAPAKVHGKGSHSAAPPPPSAHEAFYVQNRAMKEGNKRKSYLPYRRDLVGFFANVSGVRTSFSHF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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