当前解析结果
SmilChr02G004710| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004710 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004710 |
| 描述 | early nodulin-like protein 21 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 69363678 - 69364754 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008751 |
|---|---|
| GeneID | 131008751 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008751 |
| 原始查询 | LOC131008751 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 21 |
| 产物 | early nodulin-like protein 21 |
| Arabidopsis | AT1G48940 (ENODL6)early nodulin-like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841316] identity=48.8; qcov=0.725; evalue=1.65e-41; confidence=medium |
| Rice | Os04g0673800 (OsENODL14)- identity=52.2; qcov=0.665; evalue=2.38e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008751 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057791768.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791768.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791768.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791768.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791768.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:69363854 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B140,B21,B91,C55,C57 |
Chr2:69363865 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B82,B86,D7 |
Chr2:69363881 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A20,B106,B121,B128,B129,B132,B133,B17,B18,B24,B26,B36,B42,B43,B51,B55,B58,B61,B63,B64,B74,B80,B95,C28,C40,C42,C50,C51,C6,C77 |
Chr2:69363923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C13,C42,C5 |
Chr2:69363971 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B68,C1,C46,C47 |
Chr2:69363972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B85,C56,C74,C85 |
Chr2:69364068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:69364119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,C72,D6 |
Chr2:69364408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,A3,C2,C32,C68 |
Chr2:69364436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B55,B77,C23,C30,D11 |
Chr2:69364442 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:69364457 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B113,B129,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791768.1PF02298
Cu_bind_like 45-120 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791768.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 45 | 120 | 3.3e-21 | 75.8 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。