Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002716`

染色体: Chr01 坐标: 45428824-45429611 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002716`
名称	SmilChr01G002716
描述	chaperone protein dnaJ 49-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45428824 - 45429611 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008755`
GeneID	`131008755`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008755`
原始查询	`LOC131008755`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chaperone protein dnaJ 49-like
产物	chaperone protein dnaJ 49-like
Arabidopsis	`AT5G05750` (AT5G05750) DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830459] identity=56.1; qcov=0.964; evalue=1.08e-74; confidence=high
Rice	`Os01g0556400` (OsDjC9) - identity=50.4; qcov=1; evalue=2.52e-71; confidence=high
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030544 (Hsp70 protein binding); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0071218 (cellular response to misfolded protein)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00226 (DnaJ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791776.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791776.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791776.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791776.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791776.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45428834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B123,B24,B49
`Chr1:45428844`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr1:45428851`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr1:45428897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B50,B8,C3,C60
`Chr1:45428902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:45428917`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	40	A15,A20,A21,A6,B115,B121,B124,B136,B14,B20,B25,B27,B3,B31,B42,B43,B46,B51,B54,B56,B57,B58,B6,B71,B78,B96,B99,C17,C19,C28,C30,C47,C49,C54,C78,C80,C85,C87,D11,D5
`Chr1:45428960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr1:45428961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B50,B8,C3,C60
`Chr1:45428973`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B87
`Chr1:45428973`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B87
`Chr1:45428994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:45429028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791776.1

248 aa

124

248

DnaJ

PF00226 DnaJ 113-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791776.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	113	174	1.4e-20	73.8	DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935793.1
GCTCTCTGTTGAGAGTCTCATCTCGTTTATTGCAGGAAAGGATGGATGGGAACAAAGATGAAGCCTTGAAGTGTCTGAACATCACCAAGAATTTAATTCAATCGGGCGACGAAGATCGCGCCCTCAAATTCCTCAACAAAGCCCGTAGGTTAGACCCATCCATTCAAATTGACCAATTCCTGTCCAATCTCAACACTTCACCGGTGGAAGATAAGAACCCTAATGCACCCACCGATGAGAATCCCTCCGATCCTTCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008755
ATGGATGGGAACAAAGATGAAGCCTTGAAGTGTCTGAACATCACCAAGAATTTAATTCAATCGGGCGACGAAGATCGCGCCCTCAAATTCCTCAACAAAGCCCGTAGGTTAGACCCATCCATTCAAATTGACCAATTCCTGTCCAATCTCAACACTTCACCGGTGGAAGATAAGAACCCTAATGCACCCACCGATGAGAATCCCTCCGATCCTTCTGAAAGCGGGCCCCGACGTAGGGTTCCGGTTGCCGCGCGATCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791776.1
MDGNKDEALKCLNITKNLIQSGDEDRALKFLNKARRLDPSIQIDQFLSNLNTSPVEDKNPNAPTDENPSDPSESGPRRRVPVAARSTSSSSAASATYNDDQMTVVREIKMKKDYYEILGLEKNCTGKDVRKAYMKLSLKVLPDKNTAPSTEEAFKMVSKAFQCLSNKESRKKYDVVGSDEPVYERRDKGGGNGMRGFNGFYETGVDAEEIFRNFFFGGMHPATTANFGGFTFGNAASCKLGPLYPPPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器