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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004685

染色体: Chr02 坐标: 69152449-69154089 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004685
名称SmilChr02G004685
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 21-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69152449 - 69154089 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008756
GeneID131008756
locus_tag-
NCBI NameLOC131008756
原始查询LOC131008756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 21-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 21-like
ArabidopsisAT1G22990 (HIPP22)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838907]
identity=54.2; qcov=1.04; evalue=4.11e-58; confidence=high
RiceOs01g0507700
-
identity=52.6; qcov=1.03; evalue=1.77e-53; confidence=high
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791772.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057791773.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057791772.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057791772.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791772.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69152928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B105,B36
Chr2:69153815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:69153908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791772.1
148 aa
N
1
74
148
HMA
C
PF00403 HMA 28-85 aa
XP_057791773.1
147 aa
N
1
74
147
HMA
C
PF00403 HMA 28-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791772.1 Pfam PF00403 HMA Domain 28 85 4.4e-10 40.5 Heavy-metal-associated domain
XP_057791773.1 Pfam PF00403 HMA Domain 28 84 3.6e-13 50.4 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935790.1
GATTTGCCGTTTTGATGGAGAGGTCTTGGGTTTAATCTTGTCTGCGTTATTTTTCCATCTTTGTGTGGTGTAGATGTTTCGTTTGCCTGTGAGTTGTTTATTTGATTATATATTAGATACCTCTTGTAATTTAAGGAAAAAAAGTTGTTTGAATTAAAGGGAAAATAAGGAACCTAAGAAAATATTATTTTTATCTATTAGTACTTTTTTTTCCCGAAAAACGGTAAAAAACAAAATCTCCTTTCCCAGTTTCCTTAAAG...
XM_057935789.1
CCTATTCCCACTTTATATTTAGGCCTATAAAATAGTATAAAACACAATACGATCTTGTTCATAGATTTGTGTTGAGAAGAAGCAAATTATGGGTGCTCTCAAGTATCTGTCAAAGTTGTGCTCTGCCACCACAACCAGAAGCAAAAGGAAATCAATGCAGACGGTTGAGATCAGAGTAAAAATGGACTGTGATGGATGTGAGAGAAGAGTAAAGAATGCCATCAAAAACATCAAAGCAGGAGTGAAATCTATCGATATAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008756
ATGGGTGCTCTCAAGTATCTGTCAAAGTTGTGCTCTGCCACCACAACCAGAAGCAAAAGGAAATCAATGCAGACGGTTGAGATCAGAGTAAAAATGGACTGTGATGGATGTGAGAGAAGAGTAAAGAATGCCATCAAAAACATCAAAGCAGGAGTGAAATCTATCGATATAAACAGAAAGCTAAGCCGCGTGACAGTGAATGGTTTCGTTGATCCAAACAAAGTTTTGAAGAGAGTGAATAACACAGGAAAGAAAGCAGA...
LOC131008756
ATGGGTGCTCTCAAGTATCTGTCAAAGTTGTGCTCTGCCACCACAACCAGAAGCAAAAGGAAATCAATGCAGACGGTTGAGATCAGAGTAAAAATGGACTGTGATGGATGTGAGAGAAGAGTAAAGAATGCCATCAAAAACATCAAAGGAGTGAAATCTATCGATATAAACAGAAAGCTAAGCCGCGTGACAGTGAATGGTTTCGTTGATCCAAACAAAGTTTTGAAGAGAGTGAATAACACAGGAAAGAAAGCAGAGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791772.1
MGALKYLSKLCSATTTRSKRKSMQTVEIRVKMDCDGCERRVKNAIKNIKAGVKSIDINRKLSRVTVNGFVDPNKVLKRVNNTGKKAEFWPFIPYNVVQFPHVSQVYDKKAPAGFVRNVQAAAAPPPNATEEAMTYLFSEDNPNACSIM
XP_057791773.1
MGALKYLSKLCSATTTRSKRKSMQTVEIRVKMDCDGCERRVKNAIKNIKGVKSIDINRKLSRVTVNGFVDPNKVLKRVNNTGKKAEFWPFIPYNVVQFPHVSQVYDKKAPAGFVRNVQAAAAPPPNATEEAMTYLFSEDNPNACSIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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