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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004783

染色体: Chr02 坐标: 70010225-70014037 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004783
名称SmilChr02G004783
描述protein MICROTUBULE BINDING PROTEIN 2C
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70010225 - 70014037 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008774
GeneID131008774
locus_tag-
NCBI NameLOC131008774
原始查询LOC131008774

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MICROTUBULE BINDING PROTEIN 2C
产物protein MICROTUBULE BINDING PROTEIN 2C
ArabidopsisAT5G08120 (MPB2C)
movement protein binding protein 2C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830707]
identity=48.2; qcov=0.997; evalue=2.82e-89; confidence=high
RiceOs06g0284800
-
identity=40.9; qcov=0.874; evalue=8.91e-59; confidence=medium
GOGO:0008017 (microtubule binding); GO:0010497 (plasmodesmata-mediated intercellular transport)
KEGG-
PfamPF30916 (MBP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057791783.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791783.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057791783.1
4 Spindle Spindle 0.20000 XP_057791783.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791783.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70010453 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B138
Chr2:70010453 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B138
Chr2:70010534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B138
Chr2:70010535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B138
Chr2:70012113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:70012213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:70012218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:70012233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B52
Chr2:70012383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr2:70013245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr2:70013632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791783.1
333 aa
N
1
166
333
MBP2C
C
PF30916 MBP2C 10-331 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791783.1 Pfam PF30916 MBP2C Family 10 331 1.4e-129 432.9 Microtubule binding protein 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935800.1
GAATTCAAATTCCAGTTACTCTAGATACAGCAGTCCACAGATAAACCTGCATAAATCACAACAAAATTTGAAAAAACTAAAGAGATATTCAAAAACAAAAATCCTTCACTTTCAAAATTCTCAGCTTCTTCTTCTTCTTTGAAATACAGGAAATTCAGCTGATCGATATCCATTTCAAAATCAATGGAGGGGAGGATGTACGAATCCCAGCAGCATTTGGTGGATTTGCAAGACACCAGTGGTTTCGGGTCGGACCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008774
ATGGAGGGGAGGATGTACGAATCCCAGCAGCATTTGGTGGATTTGCAAGACACCAGTGGTTTCGGGTCGGACCCGAAGTCATGGCTCTCCGGCGACGACCTCAGCCGCACGCTCTCCTCTCTCTCCGCCGCCGCCGCCACCGCCTCCGCCACCGGAGGCGTCGATCCGGTCCTCTTCAACGACCTCGTGGAGATGGTCCCACTCGTCCAGTCGCTCATTGATCGGAAATCGAATTCCTCGTTCAAGCGGCGGGGTTCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791783.1
MEGRMYESQQHLVDLQDTSGFGSDPKSWLSGDDLSRTLSSLSAAAATASATGGVDPVLFNDLVEMVPLVQSLIDRKSNSSFKRRGSMIYTKTPSREALYKKTAGKSATLPTKKPRDQGDRTAADSPDTEDLSISSRTLLSEKDREELMALRDQVEDLKRQLSEKDELLGSAELIKNEMTSIQTKYEELKSEAAEKDSLIKSTQLQLSDAKVKLADKQAAVEKLQWETMTSNKKAERLQEDLDKVQGEISSFMILIEGLRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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