Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002723`

染色体: Chr01 坐标: 45576226-45578866 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002723`
名称	SmilChr01G002723
描述	uncharacterized SmilChr01G002723
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45576226 - 45578866 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008776`
GeneID	`131008776`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008776`
原始查询	`LOC131008776`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tRNA-splicing endonuclease subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824903]; symbol=AT3G57360; hit=AT3G57360; species=arabidopsis; confidence=high
产物	tRNA-splicing endonuclease subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824903]; symbol=AT3G57360; hit=AT3G57360; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G57360` (AT3G57360) tRNA-splicing endonuclease subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824903] identity=50; qcov=0.771; evalue=7.7e-79; confidence=high
Rice	`Os09g0504800` - identity=45.3; qcov=0.699; evalue=6.53e-66; confidence=high
GO	GO:0000214 (tRNA-intron endonuclease complex); GO:0000379 (tRNA-type intron splice site recognition and cleavage)
KEGG	-
Pfam	PF12928 (tRNA_int_end_N2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791788.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057791788.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791788.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791788.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791788.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45576271`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C27
`Chr1:45576271`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C27
`Chr1:45576274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr1:45576836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,C12
`Chr1:45577011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C78,C86
`Chr1:45577834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr1:45578007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:45578508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B105,B2,B47,C4
`Chr1:45578601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr1:45578611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C46
`Chr1:45578626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B125,B68,B98,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791788.1

332 aa

166

332

tRNA_int_end_N2

PF12928 tRNA_int_end_N2 111-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791788.1`	Pfam	`PF12928`	tRNA_int_end_N2	Domain	111	171	2.2e-14	54.0	tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935805.1
ATGGATGTAGAAAACAACGTTGATGCGAATGCCAACGGAAGCTTGGCCGCGACAGCCAACCAGCTGACAAAGTTCAGGTTCCAATACGATGAGGACGAAGAAGCTGAAACCATCGAAGAAGTGGCCACCGAGAGCTCGAATCTTGATGAGGATTCCTTAGTCACTGGGGATGATAAGACCAGCGCTGATTACTTCTTCGATTCCTACTCGCACTTCGGCATCCATGAAAGCTTGAGTTCTGATGGTGGAGTGTATGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008776
ATGGATGTAGAAAACAACGTTGATGCGAATGCCAACGGAAGCTTGGCCGCGACAGCCAACCAGCTGACAAAGTTCAGGTTCCAATACGATGAGGACGAAGAAGCTGAAACCATCGAAGAAGTGGCCACCGAGAGCTCGAATCTTGATGAGGATTCCTTAGTCACTGGGGATGATAAGACCAGCGCTGATTACTTCTTCGATTCCTACTCGCACTTCGGCATCCATGAAAGCTTGAGTTCTGATGGTGGAGTGTATGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791788.1
MDVENNVDANANGSLAATANQLTKFRFQYDEDEEAETIEEVATESSNLDEDSLVTGDDKTSADYFFDSYSHFGIHESLSSDGGVYDCDSDSEGFVNDSIDDELCFATDDIPKLQFRKERSKAQWIEELGMAEVLEKKGRLWITTGIIRNGKTYCSIEETLYLAEIGALDILNVDNTPLPLSDMYTKLAEDEEKYGCSWESFEVYRHLKFLGYIVGRHGVAWSMKNVKNKTNADGRGESCNVDDSFITDMFGNMHIGGTRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器