当前解析结果
SmilChr02G004787| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004787 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004787 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G004787 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 70026246 - 70027503 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008779 |
|---|---|
| GeneID | 131008779 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008779 |
| 原始查询 | LOC131008779 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605]; symbol=AT5G17390; hit=AT5G17390; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605]; symbol=AT5G17390; hit=AT5G17390; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G17390 (AT5G17390)Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605] identity=51.5; qcov=0.781; evalue=1.12e-48; confidence=medium |
| Rice | Os12g0501400- identity=41.7; qcov=1.04; evalue=5.15e-48; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00582 (Usp) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008779 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057791789.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791789.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791789.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791789.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791789.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:70026562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C38,C70 |
Chr2:70026677 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C82 |
Chr2:70026677 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr2:70027009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:70027074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr2:70027125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:70027231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791789.1PF00582
Usp 59-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791789.1 |
Pfam | PF00582 |
Usp | Domain | 59 | 196 | 2.1e-14 | 55.0 | Universal stress protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。