Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004805

染色体: Chr02 坐标: 70221396-70239893 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004805
名称SmilChr02G004805
描述RHOMBOID-like protein 12, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70221396 - 70239893 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008795
GeneID131008795
locus_tag-
NCBI NameLOC131008795
原始查询LOC131008795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RHOMBOID-like protein 12, mitochondrial
产物RHOMBOID-like protein 12%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G18600 (RBL12)
RHOMBOID-like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838441]
identity=47; qcov=1.04; evalue=5.3e-44; confidence=medium
RiceOs01g0763100 (OsRhmbd4)
-
identity=38.5; qcov=1.02; evalue=2.16e-28; confidence=medium
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01694 (Rhomboid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791818.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057791818.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057791818.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057791819.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70221717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B133,B81,D3
Chr2:70221963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B29,C52,C67
Chr2:70222444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:70222574 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 6 A8,B102,B124,B23,C25,C79
Chr2:70222578 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 6 A8,B102,B124,B23,C25,C79
Chr2:70222643 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B55,B73,B74,B77,C23,C34,C87
Chr2:70222839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C38,C70
Chr2:70223264 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 C30,C35,C85
Chr2:70223264 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 C30,C35,C85
Chr2:70223864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B133,B8,B81,D3
Chr2:70223934 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A9,B37,B56,B68,B96,C57,C72
Chr2:70223987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B134,B140,B31,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791818.1
334 aa
N
1
167
334
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 164-321 aa
XP_057791819.1
224 aa
N
1
112
224
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 83-211 aa
XP_057791820.1
224 aa
N
1
112
224
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 83-211 aa
XP_057791821.1
224 aa
N
1
112
224
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 83-211 aa
XP_057791822.1
224 aa
N
1
112
224
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 83-211 aa
XP_057791823.1
204 aa
N
1
102
204
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 34-191 aa
XP_057791825.1
204 aa
N
1
102
204
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 34-191 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791818.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 164 321 1.2e-15 58.6 Rhomboid domain
XP_057791819.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 83 211 1.8e-05 25.7 Rhomboid domain
XP_057791820.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 83 211 1.8e-05 25.7 Rhomboid domain
XP_057791821.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 83 211 1.8e-05 25.7 Rhomboid domain
XP_057791822.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 83 211 1.8e-05 25.7 Rhomboid domain
XP_057791823.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 34 191 1.8e-16 61.4 Rhomboid domain
XP_057791825.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 34 191 1.8e-16 61.4 Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935839.1
TCTCTCTCTCTATATATATATATATATATACACACACACATATTTGTGTGTGTGTATGTATGATTAGTTATTTTCCTGTTAAATTCCTCTTTTTTTTTGCTAAGAGAAGAGAATGCTTTAATCTTATTCTAATGTTGATCGAGATTCTCCATCGTGAATTACGAAAGCGACTTAATCTTATTGAAATAATGGAAATTACGAGTATATGTTTATATTTTTTTTTTTTTGAGAAGAATATATGTTTACATTAAGTAGCGTTG...
XM_057935835.1
TAATAAAGTATAAAAATGATACAGTAGGAGAGAGAAAGTAATGGAGTAATTATTAACTTATTTGGAAATGTGTCAAGATTCGTGGGACGGTCCAACAAGGAAAACGGAAAACGTGTCAAGATTCGTGGGATGGAGGGAGTATAAGGTAATTTGACGGGAAAACATCACTTAAAATAGATAATTATGATTAGTTATTAGTATTAACAATATATTTTTTATTTATATATGTATATATTTATACTTTTTTTTTGAAATTTTAT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131008795
ATGCGAAGGCACGTTTGGCTGCTTACTAAAACAGCAGGAAATGGCCCTTCGATCAACGTAATATCGCCAAAATCTTTGTCTCTCTCCTCATTCCTCAAACCCAATTCCATCCCATTTCATCGTGGCTCTCTCTCGGAGTATTCCACGCCTTCACGTTCCCATCTATGGAAAATAAGCAGTCCCAATGGCCTGAGAGGGGCCATCCAAAATGGGGCTTTTCCCACTTCACTTCTCGCAAGAAGGTTTTTTTCCAACGCCCT...
LOC131008795
ATGTCTACATGTGAGATCACTTTTCAGAAGGTTGATACCGGAACCATGTGTGGTGTTATTGATAATGACGAATGTTATTGTCCTTGTATTATGGAGAGTTGCACCCCAAAACTTTATGGTGCTAAATTTTATGATGTCTGTACAACACATCAAATGTGGCCTGCTCTACACAATGATAACCAGTGCGTTCAGTCATATAATTGTGGGGCACCTTATTTCAAATATGCTCATACTCTCCATCTTCGGAACACGTCACGAAA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057791818.1
MRRHVWLLTKTAGNGPSINVISPKSLSLSSFLKPNSIPFHRGSLSEYSTPSRSHLWKISSPNGLRGAIQNGAFPTSLLARRFFSNALLQGRPKSPVTFLNRRSLSSFSPDSRWRSLFRRLIPEPCVVLLIMTNVIVLVLWRVAPQNFMVLNFMMSVQHIKCGLLYTMITSAFSHIIVGHLISNMLILSIFGTRIARKFGPKYLLKLYLGGAIGGSMGFLVYQAFIAPLVEVKQAEIRHSDLQGLGASAAVGAIMVHDILL...
XP_057791819.1
MSTCEITFQKVDTGTMCGVIDNDECYCPCIMESCTPKLYGAKFYDVCTTHQMWPALHNDNQCVQSYNCGAPYFKYAHTLHLRNTSRKFGPKYLLKLYLGGAIGGSMGFLVYQAFIAPLVEVKQAEIRHSDLQGLGASAAVGAIMVHDILLLPPVGALLGGVFLIGMEMLSRWTLLIKIYGMPPNMRLEWEWEKKENAGARAHLGGAAAGGLAWLWKRKGRFGRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器