Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004813`

染色体: Chr02 坐标: 70287715-70289288 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004813`
名称	SmilChr02G004813
描述	B3 domain-containing protein At4g34400-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70287715 - 70289288 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008804`
GeneID	`131008804`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008804`
原始查询	`LOC131008804`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	B3 domain-containing protein At4g34400-like
产物	B3 domain-containing protein At4g34400-like
Arabidopsis	`AT4G34400` (AT4G34400) AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829590] identity=27.8; qcov=0.629; evalue=7.22e-08; confidence=low
Rice	`Os03g0622200` - identity=30.4; qcov=0.552; evalue=8.73e-08; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF02362 (B3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791835.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791835.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791835.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791835.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791835.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70287759`	`AG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A2,A21,B122,B125
`Chr2:70287766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B59,B69,B93,C25
`Chr2:70287797`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	B74,B89
`Chr2:70287797`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B74,B89
`Chr2:70287808`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B135,B23,B28,B66
`Chr2:70287808`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B135,B23,B28,B66
`Chr2:70288075`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr2:70288080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
`Chr2:70288188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B30,B33,C30
`Chr2:70288219`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A19,B117,B36,B47,B76,C56,C61,C65,D2
`Chr2:70288310`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr2:70288310`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791835.1

143 aa

143

PF02362 B3 18-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791835.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	18	96	8.1e-10	39.3	B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935852.1
ACTTTAATTCAACCATTCTAGCTTAGTCGACATGGCAAAAGATGAGGTTGCGGCTACAAGCAAAATGGGGAAGATGATGGTGTCTGCAGGTTTCAAAAAAAGAGTGATGTTGCCATTAGTGTATTATAATAAGCTAAAAGAAGAGAAATCAGAATGGGCAATCTTGAAAACCCCTAAAGGAGAGTGGGAAGTGAAAGTGCGTAGAGATGATAATGGTGACATCTTCCTTGAAGATGGATGGCCAGAATTCGCCCGCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008804
ATGGCAAAAGATGAGGTTGCGGCTACAAGCAAAATGGGGAAGATGATGGTGTCTGCAGGTTTCAAAAAAAGAGTGATGTTGCCATTAGTGTATTATAATAAGCTAAAAGAAGAGAAATCAGAATGGGCAATCTTGAAAACCCCTAAAGGAGAGTGGGAAGTGAAAGTGCGTAGAGATGATAATGGTGACATCTTCCTTGAAGATGGATGGCCAGAATTCGCCCGCGGAAACGCCTTCAACGACCACGATTTCATGGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791835.1
MAKDEVAATSKMGKMMVSAGFKKRVMLPLVYYNKLKEEKSEWAILKTPKGEWEVKVRRDDNGDIFLEDGWPEFARGNAFNDHDFMEFEHTCNKMHFNVTTLTSLSLRRCKIKALRQTPAKERQRRKMLQLPTTTTSGRFLKRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器